生物通報道：Pacific Biosciences公司宣布加州大學Davis分校的研究人員將使用PacBio RS測序儀來進行100K基因組計劃，該計劃旨在測序100,000種食源性致病菌的基因組。

加州大學Davis分校的研究人員將使用這種單分子實時技術，對包括沙門氏菌、彎曲桿菌、大腸桿菌、弧菌和李斯特菌在內的一千多種致病菌樣本進行基因組測序，以探明這些致病菌的表觀基因組。“長讀長、高度一致的精確性、以及對GC含量或基因組序列無測序偏好，這些特點使SMRT測序技術能夠以無預先假設（hypothesis-free）無偏向性的方式構建完成基因組，”PacBio公司CSO Jonas Korlach在聲明中稱。

新一代測序雖然速度快產量高，但固有的短讀長和偏向性使得過往微生物de novo 測序結果出現許多難以填補的“洞”（空缺），得不到完整的基因組序列。近期發表的研究顯示，PacBio公司SMRT測序生成的長讀長能夠有效進行細菌基因組和表觀基因組分析，包括對德國大腸桿菌疫情和海地霍亂菌株的遺傳學分析。

“如果沒有一個de novo從頭測序和基因組裝配的途徑，就很難檢測微生物基因組的變異，這包括結構變異以及可移動元件、噬菌體或質粒的獲取和丟失。而微生物基因組的變異對于食品安全又有很重要的影響，因此我們很需要進行100K基因組計劃這樣規模的研究。” Weimer解釋道。

“SMRT測序技術生成的完成基因組將對這一數據庫做出寶貴的貢獻，為人們提供更多的生物學信息，幫助人們發現新的生物學指標，并為食源性致病菌檢測提供參考基因組。” 加州大學Davis分校的Bart Weimer教授補充道，他也是100K基因組計劃的主管。

100K基因組項目是去年由加州大學Davis分校、安捷倫公司和FDA共同發起的，旨在通過基因組測序與分析建立一個公開的致病菌遺傳學數據庫，來應對食品安全問題引發的憂慮。OpGen 也于十二月成為該項目的成員。PacBio公司將為這一計劃提供技術指導、培訓和相應支持。 

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