*新一期Nucleic Acids Research上發表了一篇利用PacBio單分子測序方法對HIV-1病毒轉錄組可變剪切模式的研究。HIV-1病毒是一種典型的RNA病毒，其基因組比目前已知的任何一種病毒基因組都復雜。HIV-1只有一個轉錄起始位點，卻有多種剪切異構體，是研究可變剪切的一種較好模型。

在采用第二代測序平臺研究轉錄組的可變剪切時，生成的片段過短，需要進行片段拼接后才能分析選擇性剪切。然而片段拼接會失去轉錄組可變剪切的真實信息，往往只能通過猜測和推斷來分析剪切位點。而單分子測序則不同，其生成的長片段能夠使研究者們一次性完成對cDNA的通讀，直接識別剪切位點。

PacBio單分子測序的一大突出優勢就是讀長長，利用這樣的長讀長研究者們就能夠更容易的分析選擇性剪切模式。在這項研究中研究人員先將HIV-1的轉錄組進行反轉錄，隨后再進行cDNA測序。研究人員分別提取不同病人體內感染了HIV-1病毒的T細胞和HOS細胞中的RNA，反轉錄獲得了病毒的cDNA產物，而后在PacBio平臺上進行單分子測序。通過分析，他們發現了109個HIV-1獨有的可變剪切產物，其中兩個還編碼新的蛋白。研究表明，HIV-1的剪切模式具有很大的異質性，在不同細胞、不同病人中其剪切模式和異構體明顯不同，而且即使是在同一細胞同一病人中，在不同的時間段剪切模式也會發生改變。