在歐洲這場與大腸桿菌O104:H4的持久戰中，各大品牌的測序儀都先后發揮了作用，讓人們能夠快速找到肇事元兇。近日，第三代測序儀制造商Pacific Biosciences宣布，它利用單分子實時（SMRT™）技術完成了大腸桿菌O104:H4菌株的de novo序列拼接，并對11個相關的菌株進行了測序，用于比較分析。

這個研究小組由PacBio的首席科學官Eric Schadt博士領導，包括丹麥和美國一些大腸桿菌和傳染病方面的頂級專家。他們合作開展了快速測序項目，以便為此菌株的起源提供更全面的信息。數據是利用Pacific Biosciences較早發布的試劑和軟件版本產生的，包括德國疫情菌株的完整拼接，與其他疫情的菌株比對，以及11個相關大腸桿菌的序列。

Schadt博士介紹，利用合作者提供的樣本，他們用PacBio RS的標準步驟對每個菌株進行了測序，從樣本制備到測序結果，平均只需8小時。平均讀長為2,900 bp，而最長的讀長達到7,800 bp，再結合circular consensus sequencing，實現了非常高的單分子準確性。這樣，他們無需構建文庫或開展PCR，就能實現完整的拼接。

此項目證實了PacBio在復雜微生物病原體的de novo拼接中的能力，以及PacBio RS在多個基因組快速測序上的威力，這些有助于闡明病原體微生物的進化史。

丹麥Statens Serum研究所的Karen Angeliki Krogfelt教授評論道：“這些高質量的數據將為科學家提供有關菌株特征的更多信息。病原體的更全面進化分析將協助鑒定出抗生素耐藥性的標志物，以便在未來出現相關菌株時使用。”

今年4月，Pacific Biosciences開始正式發售第三代測序儀PacBio RS。據Pacific Biosciences的CEO Hugh Martin介紹，他們將會在今年第四季度對PacBio RS進行重要升級，預計性能會有顯著提升。盡管仍未完全優化好，但目前已經能夠產生相當不錯的數據：平均讀長為2,700 bp，其中5%讀長超過5,100 bp；每個SMRT Cell產生最多90 Mb可定位的數據；單分子準確性達93%。

歡迎索取PacBio RS單分子實時測序系統的詳細資料

若您對第三代測序技術感興趣，歡迎參加下周三（2011年7月20日）在上海好望角大飯店舉行的全球首個第三代測序技術平臺PacBio™ RS的技術交流會。本次交流會由基因有限公司主辦，特邀Pacific Biosciences的技術創始人之一Stephen Turner博士現場介紹SMRT™技術的原理和應用，并將通過一些實際案例重點展示該技術的優勢所在，例如覆蓋深度幾乎不受序列中GC含量差異的影響、可以跨越長重復區域以及可加速序列拼接工作的完成等，這對于進一步研究人類基因組以及其它尚未完成的物種基因組具有非常重要的意義。

技術交流會的詳情請看：http://m.lsnkyy.cc/custom/gene/110708/index.htm。（生物通 余亮）