一種源自污染物的藍(lán)細(xì)菌(Sodalinema sp. ZYS)的分離、鑒定及其生物技術(shù)潛力
《Bioresource Technology》:Isolation, characterization and biotechnological potential of a contaminant-derived cyanobacterium
Sodalinema sp. ZYS
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光合微生物對(duì)可持續(xù)資源生產(chǎn)至關(guān)重要,但開(kāi)放型螺旋藻(Spirulina)系統(tǒng)易受污染且工業(yè)菌株多樣性不足。本研究從高鹽污染跑道池中分離出嗜鹽藍(lán)藻Sodalinema sp. ZYS,基因組學(xué)分析確認(rèn)其分類地位且不含藻毒素基因。該菌株耐鹽性極強(qiáng)(總鹽度1.9 M),在鹽脅迫下高效產(chǎn)葡萄糖基甘油(286.1 mg/g DCW),標(biāo)準(zhǔn)培養(yǎng)下高產(chǎn)食品級(jí)藻藍(lán)素(153 mg/g DCW)。其強(qiáng)生長(zhǎng)能力與快速自沉淀特性為高效生物量回收和低成本生產(chǎn)奠定基礎(chǔ),成為可持續(xù)多產(chǎn)品開(kāi)發(fā)的可靠平臺(tái)。
楊 Zhao|張志超|喬月|李一辰|劉翔|劉燕|朱濤|盧學(xué)峰
哈爾濱師范大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,中國(guó)哈爾濱 150025
摘要
光合微生物對(duì)可持續(xù)資源生產(chǎn)至關(guān)重要,目前商業(yè)化的培養(yǎng)主要依賴于Limnospira(通常稱為螺旋藻)。然而,開(kāi)放的螺旋藻系統(tǒng)容易受到生物污染,且工業(yè)菌株的多樣性仍然有限。本研究采用“變廢為寶”的理念,從受污染的高鹽度螺旋藻養(yǎng)殖池中分離出一種絲狀藍(lán)細(xì)菌Sodalinema sp. ZYS。基于16S rRNA基因的初步系統(tǒng)發(fā)育分析表明,它屬于新近建立的嗜鹽屬Sodalinema。隨后的測(cè)序獲得了高質(zhì)量的完整基因組,從而精確地確認(rèn)了其分類地位,并關(guān)鍵地證實(shí)了該菌株不含已知的藍(lán)藻毒素基因。該菌株具有極強(qiáng)的耐鹽性(最高可達(dá)約1.9 M總鹽度)。從功能上看,ZYS表現(xiàn)出良好的產(chǎn)品特性:總蛋白質(zhì)含量與商業(yè)螺旋藻相當(dāng);在鹽脅迫條件下能高效生產(chǎn)葡萄糖基甘油(GG,286.1 mg/g DCW);在標(biāo)準(zhǔn)培養(yǎng)條件下可高產(chǎn)食用級(jí)C-藻藍(lán)蛋白(C-PC,153 mg/g DCW)。重要的是,ZYS在開(kāi)放、非無(wú)菌的培養(yǎng)系統(tǒng)中表現(xiàn)出強(qiáng)勁的生長(zhǎng)能力和快速自沉降現(xiàn)象,這些特性凸顯了其高效回收生物量的潛力,包括可能實(shí)現(xiàn)低成本收獲。這些綜合特點(diǎn)使Sodalinema sp. ZYS成為可持續(xù)生產(chǎn)多種高價(jià)值化合物的理想新平臺(tái)。
引言
全球?qū)沙掷m(xù)資源需求的增長(zhǎng),以及減少碳排放的緊迫性,加速了可再生生物系統(tǒng)的探索。由于微藻和藍(lán)細(xì)菌具有快速生長(zhǎng)、高光合效率以及能夠利用非耕地、咸水和廢水流的能力,從而減少了對(duì)淡水資源的依賴,它們?cè)谶@一領(lǐng)域發(fā)揮了核心作用(Dawiec-Lisniewska等人,2022年;He等人,2024年;Mastropetros等人,2022年;Rossi等人,2020年)。除了生物質(zhì)外,它們還產(chǎn)生多種有價(jià)值的生物活性物質(zhì),如色素、脂類和可溶性化合物,在營(yíng)養(yǎng)保健品、化妝品、制藥和功能性食品領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用(Klhn等人,2024年;Park等人,2022年)。然而,大規(guī)模培養(yǎng)的經(jīng)濟(jì)可行性往往取決于能否從單一菌株中生產(chǎn)多種有價(jià)值的成分,而不僅僅是關(guān)注單一產(chǎn)物的模式(Hussain Rittmann,2023年)。
在這一背景下,絲狀藍(lán)細(xì)菌Limnospira(商業(yè)上稱為螺旋藻)是一個(gè)成功的例子,它支撐了一個(gè)價(jià)值數(shù)十億美元的產(chǎn)業(yè),主要集中在健康補(bǔ)充劑領(lǐng)域(Nowicka-Krawczyk等人,2019年;Papini,2023年;Pinchart等人,2025年;Roussel等人,2023年;Sinetova等人,2024年;Soni等人,2017年)。一個(gè)典型的例子是從螺旋藻中商業(yè)生產(chǎn)2-α-GG(葡萄糖基甘油),青島中科智諾生物科技有限公司等企業(yè)已實(shí)現(xiàn)了大規(guī)模生產(chǎn),這突顯了從這種藍(lán)細(xì)菌中生成高價(jià)值化合物的潛力(Luo等人,2022年)。這種藍(lán)藻衍生的GG價(jià)格昂貴,反映了其卓越的立體化學(xué)純度和作為高端化妝品優(yōu)質(zhì)成分的日益增長(zhǎng)的需求。然而,這一成熟平臺(tái)面臨兩個(gè)相互關(guān)聯(lián)的制約:傳統(tǒng)上產(chǎn)品范圍較窄,導(dǎo)致生物質(zhì)成分未被充分利用(Kurpan等人,2024年;Villaró-Cos等人,2024年);其開(kāi)放池塘系統(tǒng)(包括用于GG生產(chǎn)的系統(tǒng))極易受到生物入侵。這些系統(tǒng)經(jīng)常被細(xì)菌、食草生物和競(jìng)爭(zhēng)性浮游植物的混合物污染。傳統(tǒng)上,這些入侵者被視為損害培養(yǎng)純度和生產(chǎn)力的有害因素,需要通過(guò)昂貴的干預(yù)措施進(jìn)行清除,最終被丟棄,這一過(guò)程忽視了它們的潛在生物價(jià)值(Choi等人,2008年;Shiraishi,2015年;Vonshak等人,1983年;Yu等人,2025年)。這種觀點(diǎn)忽略了一個(gè)關(guān)鍵的生態(tài)學(xué)見(jiàn)解:能夠在如此動(dòng)態(tài)、高壓力生產(chǎn)環(huán)境中持續(xù)生存的生物很可能具有適應(yīng)性強(qiáng)的特征,如快速生長(zhǎng)和競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。基于從廢物流中獲取價(jià)值的概念(Leong等人,2021年),一種范式轉(zhuǎn)變正在出現(xiàn),將開(kāi)放培養(yǎng)系統(tǒng)重新定義為發(fā)現(xiàn)具有工業(yè)相關(guān)性的強(qiáng)健菌株的富集環(huán)境。雖然從污染物中獲取價(jià)值的概念在其他領(lǐng)域已有先例,但其應(yīng)用于高價(jià)值、商業(yè)化的光合生產(chǎn)系統(tǒng)的探索仍然不足,尤其是在發(fā)現(xiàn)具有多重產(chǎn)品潛力的菌株方面。
盡管這一策略具有很強(qiáng)的邏輯性,但系統(tǒng)地從螺旋藻培養(yǎng)物中篩選有價(jià)值的污染菌株的努力仍然很少。我們的研究通過(guò)從運(yùn)營(yíng)中的螺旋藻池塘中分離出Sodalinema sp. ZYS來(lái)填補(bǔ)這一空白。選擇這一屬尤為重要。Sodalinema是一個(gè)最近被劃分出的分類群,它從多系的“marine Geitlerinema”群和形態(tài)相似的屬中分離出來(lái)(Cellamare等人,2018年;Noonan等人,2024年;Samylina等人,2021年)。它包括嚴(yán)格的嗜鹽堿性和嗜鹽性絲狀藍(lán)細(xì)菌,模式種Sodalinema komarekii PMC 869.14來(lái)源于極端鹽堿性的Dziani Dzaha火山口湖。Sodalinema物種的自然棲息地,如堿湖和咸水環(huán)境,表明它們具有對(duì)高鹽度、高pH值和強(qiáng)光照的耐受性。這些壓力因素與開(kāi)放、淺水培養(yǎng)池中的條件非常相似(Cellamare等人,2018年;Noonan等人,2024年;Samylina等人,2021年)。然而,Sodalinema仍然是一個(gè)謎:它在培養(yǎng)物中較為罕見(jiàn),且基因樣本不足。迄今為止,只有少數(shù)基因組公開(kāi)可用,其中大多數(shù)是不完整的(框架或contig級(jí)別),或者來(lái)自宏基因組數(shù)據(jù),只有兩個(gè)基因組被完全環(huán)化。這種高質(zhì)量基因組序列的極度匱乏嚴(yán)重限制了對(duì)該屬的功能基因組研究和應(yīng)用探索。
在本研究中,我們假設(shè)從污染源中分離出的Sodalinema sp. ZYS結(jié)合了其屬的固有韌性以及適合多產(chǎn)品開(kāi)發(fā)的生物質(zhì)組成。通過(guò)多方面的分析,包括系統(tǒng)發(fā)育學(xué)、生理特性(耐鹽性)、基因組學(xué)(不含藍(lán)藻毒素基因、GG合成的遺傳基礎(chǔ))以及GG和C-PC生產(chǎn)力的定量評(píng)估,我們驗(yàn)證了這一假設(shè)。ZYS的完整、環(huán)化基因組使其能夠被準(zhǔn)確分類,并為這一研究不足的屬提供了基礎(chǔ)資源。最終,在開(kāi)放、非無(wú)菌系統(tǒng)中觀察到的強(qiáng)勁生長(zhǎng)能力和快速自沉降現(xiàn)象為其適合大規(guī)模培養(yǎng)提供了初步證據(jù),包括可能實(shí)現(xiàn)低成本收獲。總體而言,我們的工作將Sodalinema sp. ZYS視為一個(gè)有前景且具有韌性的平臺(tái),適用于可持續(xù)的多產(chǎn)品應(yīng)用,體現(xiàn)了藍(lán)藻生物技術(shù)中的新型“變廢為寶”策略。
部分摘錄
藍(lán)細(xì)菌菌株的采樣與分離
為了探索微生物多樣性并從商業(yè)螺旋藻培養(yǎng)系統(tǒng)中分離出新菌株,我們從青島中科智諾生物科技有限公司運(yùn)營(yíng)的戶外養(yǎng)殖池中采集了水樣。樣品在4°C下運(yùn)輸?shù)綄?shí)驗(yàn)室進(jìn)行即時(shí)處理。為了富集藍(lán)細(xì)菌群體,將樣品無(wú)菌轉(zhuǎn)移到含有Zarrouk培養(yǎng)基的50 mL燒瓶中。富集培養(yǎng)物在30°C下連續(xù)培養(yǎng)
從受污染的螺旋藻養(yǎng)殖池中分離菌株及實(shí)現(xiàn)可擴(kuò)展生物質(zhì)回收的形態(tài)特征
在用于GG生產(chǎn)的高鹽度(約1 M總鹽度)養(yǎng)殖池中常規(guī)培養(yǎng)螺旋藻的過(guò)程中,觀察到混合微藻和藍(lán)細(xì)菌的定期入侵,尤其是在宿主培養(yǎng)條件不佳時(shí)。2023年7月,培養(yǎng)物出現(xiàn)了明顯崩潰,表現(xiàn)為懸浮液顏色從綠色變?yōu)辄S綠色,同時(shí)出現(xiàn)絮凝和快速沉淀現(xiàn)象,從中采集了水樣
結(jié)論
本研究表明,從崩潰的商業(yè)螺旋藻池塘中分離出的污染藍(lán)細(xì)菌可以重新用作有價(jià)值的工業(yè)平臺(tái),體現(xiàn)了藍(lán)藻生物技術(shù)中的“變廢為寶”策略。通過(guò)完整的基因組測(cè)序和多方面的特性分析,Sodalinema sp. ZYS在分類上得到了明確界定,并確認(rèn)其不含藍(lán)藻毒素基因簇,證明了其作為安全生產(chǎn)菌株的適用性。
除了分類學(xué)和非藍(lán)藻毒素方面的內(nèi)容
CRediT作者貢獻(xiàn)聲明
楊 Zhao:撰寫(xiě) – 審稿與編輯,撰寫(xiě) – 原稿,驗(yàn)證,方法學(xué),研究,資金獲取。張志超:撰寫(xiě) – 原稿,軟件,方法學(xué)。喬月:可視化,軟件,方法學(xué)。李一辰:資源,方法學(xué),研究。劉翔:資源,方法學(xué),研究。劉燕:撰寫(xiě) – 審稿與編輯,監(jiān)督,資金獲取。朱濤:撰寫(xiě) – 審稿與編輯,監(jiān)督,資金獲取,概念化。
利益沖突聲明
作者聲明他們沒(méi)有已知的財(cái)務(wù)利益或個(gè)人關(guān)系可能影響本文所述的工作。
致謝
本工作得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃(2024YFB4106501和2021YFA0909700)、中國(guó)科學(xué)院的戰(zhàn)略重點(diǎn)研究計(jì)劃(XDB1290103)、國(guó)家自然科學(xué)基金(32570172)、山東省重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃(2025CXPT029)、哈爾濱師范大學(xué)的研究生創(chuàng)新基金(HSDBSCX2022-108)、QIBEBT國(guó)際合作項(xiàng)目(QIBEBT ICP202301)等項(xiàng)目的支持