環狀RNA（circRNA）與腫瘤發生的關鍵特征相關。某些circRNA包含環狀開放閱讀框（cORF），并通過編碼的小肽影響腫瘤發生。然而，目前的circRNA檢測方法傾向于使用短讀長RNA測序（RNA-seq）來檢測circRNA的剪接連接處，而無法可靠地重建完整的circRNA序列，從而阻礙了cORF的準確預測。為了解決這些問題，我們進行了長讀長測序，以富集全長circRNA，這些circRNA可以作為短讀長比對的參考。這種方法“拯救”了那些被現有circRNA檢測工具忽略的circRNA，并使得開發了一個開源的生物信息學工作流程成為可能，該流程通過整合短讀長和長讀長RNA-seq來表征和拯救circRNA：通過整合測序表征circRNA（CHRIS）。將該方法應用于結直腸癌細胞系和患者樣本后，發現了6,445種非典型的已知circRNA isoform，其中69種在癌癥轉移過程中發生了變化。在結直腸癌細胞系中的驗證實驗確認了CHRIS拯救的11種高置信度circRNA的內源性表達。接下來，利用CHRIS檢測到的67,326種circRNA和來自臨床蛋白質組腫瘤分析聯盟的261名結直腸癌患者的質譜數據，鑒定了6,848種由circRNA編碼的肽，其中包括994種僅能通過長讀長整合檢測到的肽以及914種潛在的新抗原。總體而言，這項研究開發了一種方法，可以促進circRNA的檢測，并為未來的circRNA腫瘤生物學研究提供有價值的資源。