多組學(xué)與機(jī)器學(xué)習(xí)驅(qū)動的血小板相關(guān)預(yù)后模型構(gòu)建及其在多發(fā)性骨髓瘤風(fēng)險分層中的應(yīng)用
《Annals of Hematology》:A Multi-Omics and machine learning platelet-related prognostic signature in multiple myeloma
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為解決多發(fā)性骨髓瘤(MM)中血小板功能異常與疾病預(yù)后關(guān)系不清的臨床問題,研究人員整合了單細(xì)胞測序、多中心隊列數(shù)據(jù)與機(jī)器學(xué)習(xí)算法,首次系統(tǒng)構(gòu)建并驗證了一個包含13個基因的血小板相關(guān)預(yù)后特征(PRGs)。該研究不僅揭示了功能失調(diào)的血小板可促進(jìn)腫瘤細(xì)胞增殖并抑制凋亡的機(jī)制,其建立的模型在獨(dú)立隊列中展現(xiàn)出優(yōu)異的生存預(yù)測能力,為MM患者的精準(zhǔn)風(fēng)險分層提供了新工具,并揭示了血小板活性與腫瘤微環(huán)境交互的新見解。
多發(fā)性骨髓瘤(Multiple Myeloma, MM)是骨髓漿細(xì)胞惡性增殖導(dǎo)致的血液系統(tǒng)腫瘤。它有一個令人擔(dān)憂的臨床特征:患者常常處于一種“高凝狀態(tài)”,這意味著他們體內(nèi)的血液更容易形成血栓,而這與不良的預(yù)后密切相關(guān)。長期以來,我們都知道血小板是血栓形成的關(guān)鍵“執(zhí)行者”,但它在MM這個特定的腫瘤內(nèi)部,除了促成凝血,還在扮演什么角色?是簡單的“旁觀者”,還是推動疾病進(jìn)展的“幫兇”?更重要的是,我們能否從血小板身上找到一些線索,來更精準(zhǔn)地預(yù)測患者的生存結(jié)局?盡管血小板在多種實體腫瘤的發(fā)生、血管生成和轉(zhuǎn)移中已被證明是“活躍分子”,但在MM這個起源于骨髓的血液腫瘤中,其具體作用及作為預(yù)后標(biāo)志物的潛力,仍然是一個未被充分探索的領(lǐng)域。
為了回答這些問題,一項題為“A Multi-Omics and machine learning platelet-related prognostic signature in multiple myeloma”的研究在《Annals of Hematology》上發(fā)表。該研究巧妙地結(jié)合了實驗室功能實驗和大規(guī)模生物信息學(xué)分析,系統(tǒng)揭示了功能失調(diào)的血小板如何促進(jìn)MM進(jìn)展,并成功開發(fā)了一套基于血小板相關(guān)基因的精準(zhǔn)預(yù)后評估工具。
研究團(tuán)隊綜合運(yùn)用了單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)分析骨髓微環(huán)境、多中心批量轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)整合、流式細(xì)胞術(shù)與酶聯(lián)免疫吸附試驗(ELISA)檢測血小板活化狀態(tài)、腫瘤細(xì)胞-血小板共培養(yǎng)功能實驗,以及基于116種算法組合的機(jī)器學(xué)習(xí)建模與驗證等關(guān)鍵技術(shù)方法。研究樣本整合了來自TCGA-MMRF-COMPASS、GEO(GSE124310、GSE6477、GSE4581、GSE24080、GSE136337)等公共數(shù)據(jù)庫的多個隊列數(shù)據(jù),并納入了來自山東大學(xué)齊魯醫(yī)院的新診斷MM患者、完全緩解患者及健康捐獻(xiàn)者的外周血和骨髓樣本。
Identification of dysfunctional erythroid-megakaryocyte components in multiple myeloma by scRNA-Seq
通過對骨髓單細(xì)胞圖譜的分析,研究人員發(fā)現(xiàn),在MM患者中,紅細(xì)胞-巨核細(xì)胞譜系出現(xiàn)了異常的轉(zhuǎn)錄組特征。與健康對照相比,從MM患者中分離出的該譜系細(xì)胞存在大量差異表達(dá)基因,功能富集分析表明這些基因與免疫激活、抗原呈遞以及細(xì)胞間通訊和粘附等過程密切相關(guān),提示了骨髓微環(huán)境中巨核細(xì)胞及其衍生物(血小板)的潛在功能異常。
Activated platelet promotes myeloma cell proliferation
為了驗證功能異常,研究人員首先在臨床樣本中證實了血小板確實處于過度激活狀態(tài)。流式細(xì)胞術(shù)顯示,活動期MM患者外周血血小板表面的激活標(biāo)志物CD62P(又稱P-選擇素)表達(dá)顯著升高,且其血漿和骨髓液中的可溶性P-選擇素(sP-selectin)水平也明顯上調(diào)。為了探究這種過度激活的血小板對腫瘤細(xì)胞的影響,研究人員建立了血小板與MM細(xì)胞系(RPMI8226和MM.1S)的共培養(yǎng)模型。結(jié)果發(fā)現(xiàn),與血小板共培養(yǎng)顯著促進(jìn)了MM細(xì)胞的增殖,并抑制了細(xì)胞凋亡。進(jìn)一步的機(jī)制探索顯示,血小板可能通過上調(diào)抗凋亡蛋白BCL-2的表達(dá),從而打破BCL-2/BAX的平衡,幫助腫瘤細(xì)胞抵抗死亡。
Development and external validation Platelet-Associated risk signature
基于功能實驗的發(fā)現(xiàn),研究團(tuán)隊決定從基因組學(xué)層面尋找可用于臨床的風(fēng)險標(biāo)志。他們從GSEA數(shù)據(jù)庫收集了480個血小板相關(guān)基因(PRGs),并在MM患者數(shù)據(jù)中篩選出115個差異表達(dá)的PRGs。隨后,研究團(tuán)隊利用機(jī)器學(xué)習(xí)的力量,在116種算法組合中進(jìn)行系統(tǒng)性篩選,最終發(fā)現(xiàn)“前向逐步Cox回歸(StepCox [forward])結(jié)合Ridge回歸”模型具有最佳的預(yù)測性能。該模型從115個基因中篩選出13個關(guān)鍵基因(包括KIF22, PCYOX1L, PFN1, MAFF, KIF21B, RAPGEF4, FLNA, HBD, ORM1, DGKE, KIF3B, QSQX1, PHF21A),構(gòu)建了一個血小板相關(guān)預(yù)后特征。該風(fēng)險評分模型能夠?qū)M患者有效劃分為高危和低危組。在訓(xùn)練集(TCGA)和三個獨(dú)立的外部驗證集(GSE24080, GSE4581, GSE136337)中,高危組患者的總生存期均顯著短于低危組。該模型在預(yù)測1年、3年和5年生存率時,也展現(xiàn)出穩(wěn)定且良好的區(qū)分能力(ROC曲線下面積AUC值在多個隊列中表現(xiàn)穩(wěn)健)。通過與已發(fā)表的其他預(yù)后特征(如Yu18、Huang19、Wang20等人的模型)進(jìn)行比較,本研究構(gòu)建的血小板相關(guān)風(fēng)險特征顯示出具有競爭力的、甚至更顯著的生存差異區(qū)分能力。此外,分析還發(fā)現(xiàn)高危組患者的腫瘤免疫微環(huán)境具有獨(dú)特特征,如髓系來源的抑制性細(xì)胞(MDSC)和2型輔助T細(xì)胞(Th2)浸潤更顯著,且血小板活化、生長因子信號等通路活性上調(diào)。
Construction and validation of the combined nomogram
為了提升模型的臨床實用性,研究人員將新建立的血小板相關(guān)風(fēng)險評分與臨床常規(guī)指標(biāo)(性別、年齡、國際分期系統(tǒng)[ISS]分期)相結(jié)合,構(gòu)建了一個動態(tài)的列線圖(Nomogram)。多因素Cox回歸分析證實,血小板相關(guān)風(fēng)險評分是MM患者總生存的獨(dú)立預(yù)后因素。決策曲線分析(DCA)表明,整合了風(fēng)險評分的列線圖模型,在預(yù)測1年、2年和3年生存率時,能為臨床決策帶來更高的凈獲益,其預(yù)測準(zhǔn)確性顯著優(yōu)于僅使用ISS分期等傳統(tǒng)指標(biāo)。
總而言之,這項研究通過整合實驗與計算,系統(tǒng)闡明了血小板在多發(fā)性骨髓瘤中的促腫瘤作用。研究不僅證實了功能失調(diào)的血小板通過促進(jìn)增殖和抑制凋亡直接驅(qū)動腫瘤進(jìn)展,更重要的是,基于大規(guī)模數(shù)據(jù)分析和機(jī)器學(xué)習(xí),成功構(gòu)建并驗證了一個由13個基因組成的血小板相關(guān)預(yù)后特征。這個特征能夠有效地區(qū)分高危及低危的MM患者,并與獨(dú)特的腫瘤免疫微環(huán)境相關(guān)聯(lián)。最終,結(jié)合臨床指標(biāo)形成的列線圖為個體化預(yù)后評估提供了實用的工具。這項工作的意義在于,它將血小板的生物學(xué)功能與疾病的臨床預(yù)后直接聯(lián)系起來,為理解MM的發(fā)病機(jī)制開辟了新視角,同時也為開發(fā)新的風(fēng)險分層策略和潛在的靶向血小板-腫瘤相互作用治療途徑提供了理論基礎(chǔ)和數(shù)據(jù)支持。盡管研究存在回顧性數(shù)據(jù)分析和部分機(jī)制細(xì)節(jié)有待深入等局限性,但它無疑為多發(fā)性骨髓瘤的精準(zhǔn)醫(yī)療貢獻(xiàn)了一個新穎且強(qiáng)有力的分子工具。