《Frontiers in Immunology》:Single-cell profiling of PBMCS reveals an immune signature of irAEs in anti-PD-1-treated acral melanoma patients
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這篇綜述性研究通過單細胞RNA測序(scRNA-seq)深入解析了肢端型黑色素瘤(acral melanoma)患者在接受抗PD-1(anti-PD-1)免疫治療后,發(fā)生免疫相關不良事件(irAEs)的外周血免疫細胞特征。文章首次系統地描繪了伴隨irAEs出現的CD8+ T細胞分化失衡,即毒性(cytotoxic)T細胞(高表達GZMB, NKG7)擴增,而過渡性(transitional)T細胞(高表達GZMK)收縮的現象,并提出了過渡性/毒性CD8+ T細胞比率作為潛在的生物標志物(biomarker),為理解irAEs的發(fā)病機制和臨床風險預測提供了新視角。
引言
以抗PD-1為代表的免疫檢查點抑制劑(ICIs)已徹底改變了晚期黑色素瘤的治療格局,但其所引發(fā)的免疫相關不良事件(irAEs)已成為影響患者治療與生活質量的重要臨床挑戰(zhàn)。irAEs的病理生理機制尚不完全清楚,尤其在肢端型黑色素瘤這一亞型中。針對irAEs的預測性生物標志物仍很缺乏。外周血單核細胞(PBMCs)作為系統性免疫反應的微創(chuàng)監(jiān)測窗口,是探索與療效和毒性相關循環(huán)標志物的寶貴資源。本研究旨在利用單細胞RNA測序(scRNA-seq)技術,全面刻畫接受抗PD-1單藥(主要為特瑞普利單抗,toripalimab)治療的肢端型黑色素瘤患者中,與irAEs發(fā)生相關的免疫特征。
結果
患者特征與irAEs
本研究納入了八名黑色素瘤患者:三名在ICI治療后發(fā)生irAEs(AE組),三名治療后未發(fā)生irAEs(NAE組),以及兩名未接受治療的對照患者(UNT組)。觀察到的具體irAEs包括惡心、嘔吐、疲勞(使用帕博利珠單抗pembrolizumab后)、皮疹和白癜風(使用特瑞普利單抗后)以及紅斑性丘疹(使用特瑞普利單抗后)。NAE組患者均接受特瑞普利單抗治療。
抗PD-1治療引起PBMC組成的系統性改變
對總計54,793個高質量PBMCs進行單細胞分析。與NAE組和UNT組相比,AE組CD4+T細胞頻率降低,而CD8+T細胞頻率增加。NAE組則表現出更高的NK細胞頻率和更低的單核細胞頻率。將數據標準化至總T細胞后,AE組的CD8+T細胞頻率最高,CD4+T細胞頻率最低。與治療前相比,治療后(AE和NAE組)T細胞中PDCD1(PD-1)表達降低,而CTLA4, TIGIT, LAG3, HAVCR2(TIM-3)及轉錄因子TOX表達增加,且這些效應在AE組中更為明顯。總之,抗PD-1治療與PBMC內T細胞亞群平衡的改變相關,表現為CD8+T細胞增加和CD4+T細胞減少,這一轉變在AE組最為顯著。
細胞毒性T細胞和增殖性T細胞的擴增是irAE患者的特征
對T細胞進行亞分析,鑒定出11個不同的亞群:三個CD4+T細胞亞群、三個CD8+T細胞亞群、調節(jié)性T細胞(Tregs)、γδ T細胞(gdT)、黏膜相關恒定T細胞(MAIT)、增殖性T細胞及其他未指定T細胞。通過經典標志物,將CD8 T_2定義為過渡性/效應記憶樣CD8+T細胞(表達GZMK),CD8 T_3定義為終末效應/細胞毒性CD8+T細胞(表達CX3CR1, GZMB等)。分析顯示,AE組處于G2/M期的細胞比例略高,增殖性T細胞的頻率也較NAE組增加。與治療前和NAE組相比,抗PD-1治療后AE組中CD8 T_3(細胞毒性)細胞的頻率增加,而CD8 T_2細胞的頻率降低。CD8 T_2與CD8 T_3細胞的比率在AE組中相比UNT組大幅下降。這些結果表明,T細胞向細胞毒性和增殖性表型增強的傾向與AE組患者發(fā)生irAEs存在機制上的聯系。
細胞毒性和GZMK+過渡性基因程序定義了不同的CD8+T細胞狀態(tài)
差異表達基因和基因集變異分析(GSVA)表明,CD8 T_3(細胞毒性)簇富含GNLY, FGFBP2, GZMB, NKG7等細胞毒性標志物,其細胞毒性評分也最高。CD8 T_2(過渡性)簇以GZMK, CCL4, CCL5為標志,其GZMK+過渡性基因特征評分最高,而細胞毒性評分較低。抗PD-1治療增強了細胞毒性和耗竭相關通路的表達,同時降低了與GZMK+過渡性基因、幼稚細胞標志物和高PD-1表達相關的通路表達。患者年齡與GZMK表達或GSVA評分無顯著關聯。基因本體(GO)分析進一步揭示,CD8 T_2簇在T細胞活化和分化相關通路中富集,而CD8 T_3簇主要在細胞毒性相關通路中富集。
過渡性與細胞毒性CD8+T細胞比率降低是irAEs的標志
對CD8+T細胞的進一步分析將其分為幼稚、過渡性(GZMK+)、細胞毒性1、細胞毒性2和增殖性五個簇。小提琴圖顯示,過渡性(GZMK+)簇代表了一個中間狀態(tài),表現出中等的幼稚和細胞毒性特征評分,而其GZMK過渡性特征評分達到峰值。抗PD-1治療后,AE組的細胞毒性CD8+T細胞顯著增加,而幼稚和過渡性(GZMK+)細胞相應減少。此外,過渡性與細胞毒性T細胞的比率在AE組相比UNT組顯著降低。相反,NAE組的幼稚CD8+T細胞比例略高,細胞毒性細胞比例與UNT組相當。AE組還表現出相比NAE和UNT組更高的增殖能力。GO分析顯示,AE組在細胞殺傷相關通路中特異性富集,而UNT和NAE組則更多與代謝和細胞活化通路相關。總之,這些結果進一步表明,抗PD-1治療后,AE組細胞毒性CD8+T細胞顯著增加,并伴有過渡性與細胞毒性CD8+T細胞比率降低。
軌跡分析描繪了從幼稚到細胞毒性CD8+T細胞的分化路徑
軌跡分析揭示了CD8+T細胞從幼稚狀態(tài)出發(fā)的兩條主要分化路徑:一條導向過渡性CD8+T細胞,另一條導向終末細胞毒性CD8+T細胞。過渡性CD8+T細胞主要位于該軌跡的中點,表明其是在完全分化為細胞毒性表型之前的關鍵過渡階段。隨著偽時間(pseudotime)的推移,幼稚和細胞毒性標志物在軌跡兩端分別達到峰值,而GZMK, CMC1和DUSP2等標志物則在過渡階段達到峰值,提示細胞功能的逐步轉變。分支表達分析建模(BEAM)顯示,向細胞毒性CD8+T細胞分化的軌跡特征在于NKG7, GZMB, GNLY, PRF1等細胞介導的細胞毒性相關基因的富集;而向過渡性CD8+T細胞分化的軌跡則與MALAT1, NEAT1, GZMK等基因的富集相關,暗示其為功能轉換準備的細胞狀態(tài)。這些發(fā)現表明,過渡性CD8+T細胞可能作為一種多功能的中介,在抗PD-1治療后調節(jié)免疫反應,影響受控免疫反應與攻擊性細胞毒性攻擊之間的平衡。
討論
本研究通過對接受抗PD-1治療的肢端型黑色素瘤患者的PBMCs進行scRNA-seq分析,揭示了與irAEs相關的獨特免疫特征。與文獻一致,研究發(fā)現AE組患者總CD4+T細胞減少,總CD8+T細胞和單核細胞增加。深入分析顯示,AE組患者表現出細胞毒性CD8+T細胞增加、GZMK+過渡性CD8+T細胞減少以及增殖性細胞升高。本研究并未發(fā)現先前報道的irAEs患者中MAIT和Tregs減少的現象。高表達GZMB, PRF1, GNLY的細胞毒性CD8+T細胞具有強大的效應功能,這可能有利于強效抗腫瘤活性,但也可能暗示其導致脫靶組織損傷從而引發(fā)irAEs的傾向。標記有GZMK表達的過渡性CD8+T細胞,似乎代表了從幼稚狀態(tài)到完全細胞毒性狀態(tài)之間的中間階段。這些細胞富集GZMK+過渡性標志物,其細胞毒性GSVA評分較低,表明其細胞毒性能力更為克制。這種克制可能有助于緩和激進的免疫反應,從而在有效腫瘤控制和減輕治療相關毒性之間取得平衡。它們在AE患者中的耗竭可能破壞這種平衡,有利于不受控制的細胞毒性活動和組織損傷。軌跡分析證實,GZMK+T細胞位于幼稚到細胞毒性分化連續(xù)體的過渡狀態(tài)。這突顯了過渡性與細胞毒性CD8+T細胞比率作為irAE風險的探索性候選生物標志物的潛力。此外,AE組患者增殖性T細胞比例增加,可能放大了具有更高反應性的克隆,這與irAEs發(fā)生率增加相符。本研究也存在局限性,例如樣本量較小。未來工作應通過TCR克隆性測定和抗原特異性篩選來確定irAEs中的細胞毒性CD8+T細胞是自身反應性的還是腫瘤特異性的。同時,探索GZMK在過渡性細胞功能中作用的機制研究,可能為解耦療效與毒性提供新的治療靶點。
結論
總而言之,本研究強調了在最大化ICIs治療效果的同時最小化其不良反應所需的微妙平衡。通過闡明細胞毒性、過渡性和增殖性CD8+T細胞在irAE發(fā)生中的作用,為理解肢端型黑色素瘤患者抗PD-1治療期間的免疫失調提供了新的見解。描繪這些細胞轉變及其功能后果,使我們更接近預測、預防和管理黑色素瘤患者irAEs的個體化策略。