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        計算進化打造“膜”力武器:P1.6肽精準爆破病毒包膜,廣譜抗病毒邁入低毒新時代

        《Advanced Science》:Identification and Characterization of an In Silico Designed Membrane-Active Peptide with Antiviral Properties

        【字體: 時間:2026年01月11日 來源:Advanced Science 14.1

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          研究團隊以進化分子動力學(Evo-MD)為“篩子”,從512條虛擬肽庫中淘出24-mer P1.6;該肽在膜表面由“折線α-螺旋”變身為“連續(xù)螺旋”,借脂質堆積缺陷(lipid packing defects)穩(wěn)定納米孔,0.06–3.5 μm即阻斷HIV-1、ZIKV、HSV,且20 μm無細胞毒性與溶血。文章為膜靶向廣譜抗病毒提供可直接放大的低毒候選,并揭示“病毒大小-曲率-脂質序”三維決定肽效能的普適規(guī)律。

          
        研究速覽
        ——把病毒的外衣撕成“碎片”
        包膜病毒靠一層從宿主“偷”來的脂質外衣闖蕩江湖。P1.6像一條自帶GPS的柔性鉆頭,先以折線α-螺旋(kinked α-helix)在水溶液里游蕩,一旦嗅到膜面 curvature 高、膽固醇低、脂質松散的“軟肋”,立刻拉直身軀插入,4-5條肽圍成瞬態(tài)孔環(huán),膜內(nèi)熒光染料30 min泄光,電鏡下HIV-1顆粒90%以上“裸奔”——完整錐形衣殼(capsid)被擠出,包膜碎成補丁。
        ——“進化-模擬-實驗”三位一體的淘金流程
        Evo-MD平臺把512條初始肽扔進粗粒化(coarse-grained, CG)膜缺陷梯度賽道,每輪只留“最會往薄區(qū)鉆”的24位選手;50代后9條24-mer進入實驗。羧基熒光素(carboxyfluorescein)泄漏篩出P1.6,EC≈0.26 μm,比陽性對照AH(0.82 μm)和C5A(1.09 μm)分別強3倍和4倍。
        ——結構快照:溶液里“折”,膜上“直”
        全原子MD顯示,P1.6在水相 helicity 僅69.5%,中央殘基7-11呈柔性扭結;一旦貼靠POPC膜, helicity 升至83.5%,扭結消失。ATR-FTIR在1650 cm給出同樣信號:無膜時60% α-螺旋,P:L=1:10時達80%,證實“膜誘導折疊”。
        ——安全底線:20 μm不見細胞毒,100 μm不溶血
        TZM-bl、Vero E6、CaCo-2、Huh-7、ELVIS 五系細胞20 μm下存活率均>80%;人紅細胞30 min或24 h孵育100 μm無溶血,而C5A 30 min即50%溶血——P1.6治療指數(shù)(TI)窗口極寬。
        ——抗病毒譜:越小越彎越有效
        IC 匯總:ZIKV 0.28 μm、HSV-1 0.18 μm、HSV-2 0.06 μm、HIV-1 2.54 μm;而hCoV-229E、hCoV-OC43、SARS-CoV-2 Delta、IAV均>100 μm。大小與曲率實驗給出答案:50 nm小囊泡P1.6 EC≈0.05 μm,巨大單層囊泡(GUV, ~6 μm)僅0.15 μm,但按“每粒子所需肽分子”計,前者比后者低1.4×10倍——曲率越高,脂質缺陷越多,孔越易穩(wěn)。
        ——脂質組成決定“打”與“不打”
        PC/SM 膜最敏感,EC 0.18 μm;30%膽固醇加入即升至27.6 μm,50%膽固醇幾乎“免疫”。負電PS、負曲率PE同樣削弱裂解。CG模擬顯示30%膽固醇令P1.6無法吸附——“硬”膜把肽擋在門外。
        ——孔穩(wěn)機制:肽環(huán)“扶”住水孔
        CG-MD先以勢阱造出1 nm水孔,撤阱后純膜5 ns自封閉;P1.6或AH存在時,4-5條肽沿孔緣排布,氫鍵網(wǎng)絡釘住脂質頭基,孔可穩(wěn)至500 ns。
        ——病毒實戰(zhàn):電鏡下的“碎殼”現(xiàn)場
        純化HIV-1(2.4×10 particles/mL)與10 μm或100 μm P1.6孵育30 min,負染電鏡顯示:完整顆粒從mock組94%降至10 μm組9%,100 μm組僅4%;游離衣殼比例由2%升至62%——膜碎而衣殼完好,證實“膜解離”而非蛋白變性。
        ——為何對冠狀病毒與流感“手軟”?
        ① 這些病毒出芽部位富含膽固醇/鞘磷脂“筏區(qū)”,膜序高、缺陷少;② 表面糖蛋白密集,形成物理盾牌;③ 粒子直徑偏大(80-120 nm),曲率相對溫和。三重門檻疊加,P1.6難以接近脂質域,IC沖上百微摩爾。
        ——未來升級路線
        a) 序列工程:引入Trp/Lys“錨”提升膽固醇膜親和力;b) 靶向模塊:偶聯(lián)抗體或受體結合域,突破糖蛋白盾;c) 制劑優(yōu)化:D-型或β-肽提升酶穩(wěn)性;d) 計算迭代:在筏區(qū)模型、糖蛋白格柵環(huán)境下再跑Evo-MD,篩選“硬膜克星”。
        結語
        P1.6用一條24個氨基酸的“螺旋繩”,示范了“靠膜吃膜”的廣譜抗病毒新范式:病毒越小、越彎、脂質越松散,越會被精準爆破;宿主因膜序高、膽固醇多而安然無恙。把這條肽繼續(xù)“進化”下去,人類或許就擁有了應對下一次X病毒暴發(fā)的“膜”法盾牌。
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