在傳統(tǒng)的雙鏈DNA文庫制備過程中無法捕獲ssDNA。而本試劑盒支持從單鏈DNA和雙鏈DNA中構建DNA文庫，特別適用于含混合DNA形態(tài)的樣本（包括FFPE DNA、環(huán)境來源DNA、以及損傷或降解的DNA樣本）。

Takara Bio推出了單鏈DNA建庫ssDNA-Seq Kit（Code No. NN0003/NN0004）。本試劑盒兼容低至10 pg的DNA起始量和短至50 bases的單鏈DNA片段。與傳統(tǒng)的雙鏈DNA-Seq流程不同，ssDNA-Seq Kit首先通過預處理和熱變性步驟，將樣本中所有DNA轉化為單鏈形態(tài)。熱變性后，使用單鏈DNA連接酶（SDL）在所有單鏈DNA片段的3'端添加第一個接頭。隨后通過引物延伸將文庫轉化為雙鏈DNA，并在雙鏈DNA片段的5'端添加第二個接頭。最后使用Unique Dual Indexes（Code No. 634752–634756；單獨銷售）添加Illumina測序所需的接頭，并進行文庫擴增。整個過程2小時以內(nèi)即可完成。

先讓我們來了解一下它吧！

產(chǎn)品特點

• 構建兼容單鏈DNA（ssDNA）和雙鏈DNA（dsDNA）的NGS文庫

• 適用于高度片段化、受損或降解的DNA樣本，比如FFPE樣本

• 可對短至50 bases的ssDNA片段進行分析

• 流程簡單，不到2小時即可完成文庫制備

• 兼容Unique Dual Index試劑盒，可同時處理多達384個樣本

流程概要

實驗1：可用于人類基因組 DNA（gDNA）和 FFPE 樣本的高質量文庫制備

采用ssDNA-Seq Kit，以不同片段化程度的gDNA和FFPE來源DNA為樣本制備DNA文庫。每個樣本的起始DNA量為10 ng，通過Covaris進行片段化處理。利用TapeStation HD5000對制備的文庫進行評估，結果證實：無論樣本初始片段化程度如何，均呈現(xiàn)出符合預期的DNA文庫圖譜。在NextSeq® 2000上進行雙端測序（2×150 bp），隨后使用 Bowtie2軟件與GRCh38參考基因組進行比對，結果顯示：各類片段化程度的樣本均實現(xiàn)了超過97% 的高比對率。注：DIN（DNA integrity number）即DNA完整性數(shù)值。

實驗2：在廣泛GC含量范圍內(nèi)的有均一覆蓋度

采用ssDNA-Seq Kit，以10 ng（n=2）經(jīng)Covaris片段化處理的gDNA為樣本，制備 DNA文庫。在NextSeq 2000測序儀上進行雙端測序（2×150 bp），并將測序數(shù)據(jù)down sample至總計900萬reads。灰色豎條代表采用100 bp窗口分析得到的預期GC含量分布。這些結果證實，ssDNA-Seq Kit在不同 GC 含量條件下均展現(xiàn)出均一的覆蓋度。

■ 產(chǎn)品列表 

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