來(lái)自西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院的研究人員及其同事利用一種新的蛋白質(zhì)基因組學(xué)策略和各種機(jī)器學(xué)習(xí)工具，已經(jīng)確定了一組可預(yù)測(cè)對(duì)化療不太可能產(chǎn)生反應(yīng)的卵巢癌患者亞群的64種蛋白質(zhì)特征。

這項(xiàng)多中心研究發(fā)表在8月3日的《Cell》雜志在線版[DOI: 10.1016/j.cell.2023.07.004]上，報(bào)告了一項(xiàng)對(duì)高級(jí)別漿液性卵巢癌(HGSOC)化療難治性的開創(chuàng)性分析。這項(xiàng)工作也為這些患者提供了可能的治療靶點(diǎn)。

上皮性卵巢癌每年在全球造成18.5萬(wàn)多人死亡。HGSOC占這些死亡人數(shù)的60%。盡管近年來(lái)在治療上取得了一些進(jìn)步，但在過(guò)去的40年里，這些患者的死亡率一直保持不變。目前，沒(méi)有辦法區(qū)分難治性病例(對(duì)化療沒(méi)有反應(yīng))，導(dǎo)致一些患者不必要地經(jīng)歷了鉑類化療的副作用。

西奈山醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)和基因組科學(xué)教授、該論文的共同通訊作者Pei Wang博士說(shuō):“為了解決這一關(guān)鍵的問(wèn)題，我們進(jìn)行了蛋白質(zhì)基因組學(xué)分析，確定難治性HGSOC的分子特征和潛在的治療靶點(diǎn)。化療難治性的預(yù)測(cè)因素可以實(shí)現(xiàn)精確的腫瘤學(xué)，使患者免于毒性，并通過(guò)有針對(duì)性的臨床試驗(yàn)幫助確定最有效的治療方法。”

研究人員分析了242例HGSOC患者接受化療前的腫瘤樣本，包括化療難治性和化療反應(yīng)性個(gè)體。利用先進(jìn)的計(jì)算機(jī)模型分析腫瘤的蛋白質(zhì)和基因表達(dá)譜，他們發(fā)現(xiàn)了一組特殊的64種蛋白質(zhì)，可以預(yù)測(cè)哪些腫瘤對(duì)一線鉑類藥物治療反應(yīng)不佳。這一預(yù)測(cè)在兩個(gè)獨(dú)立的患者隊(duì)列中得到證實(shí)。

此外，基于來(lái)自蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的通路活性測(cè)量，研究小組還確定了五種新的HGSOC亞型，并在兩個(gè)獨(dú)立的患者組和實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)的腫瘤小鼠模型中進(jìn)行了驗(yàn)證，這表明可能需要不同的治療策略。

接下來(lái)，研究人員計(jì)劃在更多的回顧性和前瞻性研究中證實(shí)他們的發(fā)現(xiàn)。研究人員說(shuō)，一旦得到驗(yàn)證，這些工具就可以被臨床醫(yī)生用來(lái)設(shè)計(jì)定制的替代療法，而不是目前的標(biāo)準(zhǔn)化療，以幫助難治性腫瘤患者。

作為研究的一部分，該研究的一作Amanda Paulovich博士正在研究一種新的測(cè)試，該測(cè)試使用多重分析平臺(tái)來(lái)更快，更有效地測(cè)量預(yù)測(cè)模型中的蛋白質(zhì)。該測(cè)試將結(jié)合多種蛋白質(zhì)的信息，形成一個(gè)單獨(dú)的評(píng)分，表明化療難治性疾病的可能性。研究人員說(shuō)，如果成功的話，對(duì)于大約35%的卵巢癌患者來(lái)說(shuō)，這可能是一個(gè)重大的進(jìn)展，這些患者可以避免對(duì)其特定類型的癌癥無(wú)效的治療。

文章標(biāo)題

Proteogenomic analysis of chemo-refractory high-grade serous ovarian cancer

作者簡(jiǎn)介：

王沛，女，美國(guó)西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)和基因組學(xué)教授。

由王沛擔(dān)任主要通訊作者的研究論文于2020年11月26日刊登于《細(xì)胞》，這是一項(xiàng)空前規(guī)模的“蛋白質(zhì)基因組學(xué)”研究，分析了兒科腦瘤涉及的蛋白質(zhì)、基因和RNA轉(zhuǎn)錄，以便對(duì)這類腫瘤有更全面的了解。這一結(jié)果可以幫助醫(yī)生更準(zhǔn)確地識(shí)別不同類型的腫瘤和治療方法。該研究首次揭示了在兒科腦瘤中蛋白質(zhì)的力量，從而更好地確定哪些患者可能從給定的治療中受益。