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Twist人甲基化組組合,推動甲基化分析與探索
【字體: 大 中 小 】 時間:2022年12月07日 來源:Twist Bioscience
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Twist人甲基化組組合利用123 Mb的基因組靶標來靶向生物學相關的甲基化標志物,覆蓋398萬個CpG位點。如此豐富的內容使得該組合成為研究人員在各種應用中探索甲基化水平的理想選擇,包括癌癥轉移、人類發育和功能基因組學。
Twist人甲基化組組合利用123 Mb的基因組靶標來靶向生物學相關的甲基化標志物,覆蓋398萬個CpG位點。如此豐富的內容使得該組合成為研究人員在各種應用中探索甲基化水平的理想選擇,包括癌癥轉移、人類發育和功能基因組學。
該組合經過優化和驗證,可以配合Twist甲基化檢測系統使用,為您帶來一個完整的端對端流程,同時具有更卓越的性能。高捕獲效率不但提升了整個表觀基因組范圍內的檢測靈敏度,并且還降低了測序成本。該組合特別適合隊列樣本的檢測和差異甲基化區域的發現。
設計與流程的高效
作為完整的解決方案,Twist 靶向甲基化系統可生成高度復雜和均一的測序片段,供甲基化分析使用。端對端的實驗方案,通過融合創新的酶促轉化過程、優化的靶向富集流程和高度成熟的組合設計過程以此來實現目標。
Twist 人甲基化組組合的主要優勢
更卓越的性能
◇ 優化的性能結合端對端的流程
◇ 復雜度進一步提高的文庫
◇ 可靈活添加spike-in內容
與傳統芯片相比,覆蓋范圍更廣
◇ CpG位點的覆蓋度提高約4倍
◇ 更多地覆蓋CpG島中的堿基
◇ 基于更新的參考數據庫
相對于芯片的優勢
◇ 差異甲基化區域的檢出率更高
◇ 更好地覆蓋相鄰CpG位點的上游和下游
性能與數據
該組合具有高度靶向性,能夠捕獲和檢測基因組中最新、經過注釋且生物學相關的CpG甲基化區域。通過該組合的富集可鑒定出基因組中84%的CpG島(17,915,988個堿基)。另外它還覆蓋了CpG shores、shelves和open sea區域中的105,288,339個堿基及堿基對。
相對于芯片的優勢
芯片上的設計是靜態內容,可能會阻礙新的感興趣的表觀遺傳目標的發現。目前市場上的芯片只能有限地覆蓋表觀基因組中的甲基化組,導致大部分甲基化CpG位點無法被檢測。Twist人甲基化組的靶向富集方法通過雜交捕獲組合突破了這些限制,該組合通過NGS平臺得到的整個測序片段實現更加擴展的內容和單堿基分辨率。
由于低甲基化情況下的高背景噪聲和高甲基化情況下的信號飽和,芯片在甲基化檢測的這兩種情況下存在固有的限制。Twist人甲基化組組合則受益于NGS帶來的更高動態范圍,能夠更準確地檢出差異甲基化區域(DMR),尤其是在低甲基化水平和高甲基化水平下,如下圖。
性能指標
Twist人甲基化組組合經過精心設計和實驗室優化,可帶來準確、靈敏且高性能的雜交捕獲效率。在150x原始覆蓋度情況下,該組合可以實現90%以上的靶標堿基達到30x及以上的覆蓋度,且中靶率高達95%。通過提高低覆蓋區域的覆蓋度和降低高覆蓋區域的覆蓋度,該組合在靶標區域范圍內具有高均一性,其Fold 80為1.54。在150x原始覆蓋度的高測序深度下,<4%的重復率反向表明了高的文庫復雜性。整體的捕獲效率指標為甲基化水平的檢測帶來了高度信心,同時最大限度降低了測序成本。