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AGBT 2021:空間轉錄組學新品薈萃(上)
【字體: 大 中 小 】 時間:2021年03月10日 來源:生物通
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2021年度的基因組生物學與技術進展大會于3月1日至3日在線上舉行。空間轉錄組學以及單細胞領域的進展備受關注。NanoString、10x Genomics、Vizgen、PacBio等公司紛紛介紹了他們的最新產品。
2021年度的基因組生物學與技術進展大會(AGBT 2021)于3月1日至3日在線上舉行。AGBT大會被認為是基因組科學與技術領域最高水平的峰會之一。眾多科學家和供應商參加了上周的會議,并分享了他們的最新工作和技術進展。
空間轉錄組學技術近年來進展迅速,為人們了解復雜組織提供了獨特視角,去年也被《Nature Methods》雜志評為2020年度技術(Method of The Year)。因此,空間轉錄組學以及單細胞領域的進展備受關注。10x Genomics、NanoString、Vizgen、PacBio等公司紛紛介紹了他們的最新產品。
10x Genomics
10x Genomics的應用團隊負責人Sarah Taylor此次在會上重點介紹了Chromium單細胞平臺、Visium空間基因組學平臺,以及未來即將推出的原位分析平臺。
在1月份舉辦的摩根大通醫療健康年會上,10x Genomics曾表示將推出高通量的Chromium X單細胞分析平臺,以及能夠處理固定細胞的Chromium樣本制備試劑盒。Taylor表示,這兩個產品都有望在2021年下半年推出。
此外,她表示Chromium平臺還能助力高通量的抗體發現,這種技術稱為BEAM(barcode enabled antigen mapping)。利用BEAM技術,用戶可在單次實驗中分離不同物種的多個抗原的高特異性抗體。軟件方案可在數天內從血液或淋巴結中分離出抗原特異性的抗體。BEAM技術有望在2022年上半年推出。
在空間基因組學方面,Taylor重申了2022年上半年將會交付Visium CytAssist儀器(將標準的組織學玻片轉換成與Visium兼容的玻片)以及Visium HD平臺(迄今為止最高分辨率的空間平臺)。用戶一直都期待Visium空間基因表達技術能與FFPE樣本兼容。據介紹,Visium for FFPE試劑盒將在幾個月內交付。
10x Genomics還會基于之前收購的ReadCoor和Cartana公司,開發出一款原位分析平臺,適用于那些清楚自己的分析目標并希望以單分子分辨率關注特定目標的研究人員。該解決方案將會整合硬件、軟件和試劑,實現多重的多組學分析,同時檢測轉錄組學和蛋白質組學分析物。
Vizgen
Vizgen公司的首席執行官Terry Lo在AGBT大會上介紹了最新開發的MERSCOPE平臺。這個平臺將單細胞和空間基因組學分析整合在一個系統中,提供了一個從樣本制備到數據可視化的簡化流程,可廣泛應用在基礎生物學和醫學領域。據介紹,MERSCOPE平臺不僅能提供整張組織切片的空間背景,還能提供靈敏的單細胞基因表達譜分析。
MERSCOPE平臺是基于大名鼎鼎的MERFISH(多重抗誤差熒光原位雜交)技術。這項技術由霍華德-休斯醫學研究所的莊小威博士開發。Vizgen公司在2019年獲得了該技術的許可證。
MERSCOPE平臺利用組合標簽和連續成像來提高檢測通量,并通過抗誤差條形碼策略來抵消單分子標記的錯誤。它能夠對整塊組織開展空間基因表達分析,并以納米級的分辨率來解析單個轉錄本。每次運行可分析數十萬個細胞中的數百個基因,而無需使用測序。Lo表示,Vizgen的可視化軟件能夠將所有圖像處理成易于使用的輸出文件。這些文件可通過Vizgen的工具查看,也可以利用其他工具進行分析。
Lo表示,MERSCOPE平臺將在2021年夏天正式發售。(生物通 薄荷)