中國科學院－馬普學會計算生物學伙伴研究所的楊力研究組發表了題為“CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison”的文章，通過整合分析多物種環形RNA數據，發布了升級版的環形RNA數據庫CIRCpedia v2（http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/）。

這一研究成果公布在國際學術期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics雜志上。

升級版的環形RNA數據庫CIRCpeida v2共收錄了6個物種（包含人、小鼠、大鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲）中超過180個樣品的環形RNA計算分析結果。主要通過CIRCexplorer2和 MapSplice計算流程統計獲得了262,782個環形RNA分子，其中包括73,972個可變反向剪接事件。

使用者可通過檢索和下載模塊獲取環形RNA基因組坐標、表達水平、可變反向剪接、人鼠保守性等多樣化信息，通過瀏覽模塊在基因組上圖形化查看環形RNA具體表達模式，并通過新的在線分析工具對不同樣品中的環形RNA開展比較分析。

這一升級版的環形RNA數據庫網站為環形RNA研究提供了一個全面和綜合性的平臺，為深入開展環形RNA功能研究提供了數據支持和理論依據。

楊力研究組長期從事RNA組學研究，通過合作研究系統揭示內含子互補配對序列對環形RNA表達的關鍵作用（Zhang et al., Cell 2014; Zhang et al., Cell Rep 2016）；表明不同順式內含子互補配對序列間的競爭性配對可以導致環形RNA的可變反向剪接，進而從一個基因位點產生多個環形RNA分子（Zhang et al., Genome Res 2016）；通過系統衡量不同物種中順式作用元件對環形RNA生成的作用，闡明人基因組中所蘊含的大量內含子Alu序列是環形RNA在人中高表達的主要原因之一（Dong et al., RNA Biol 2017）；發現反式作用蛋白因子NF90/NF110對環形RNA表達調控和功能作用的新機制（Li et al., Mol Cell 2017）；并多次發表應邀綜述，系統總結環形RNA的生成加工及其潛在生物學功能的最新進展（Yang, WIREs RNA 2015; Chen and Yang, Trends Cell Biol 2017; Li et al., Mol Cell 2018）。

該項研究在楊力研究員指導下，由計算生物學研究所研究助理董瑞博士（現為Harvard大學博士后）、碩博連讀研究生馬旭凱和李國衛共同完成，并得到了國家基金委和中科院的經費支持。

原文標題：

CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022918302596