今天的文章將圍繞m6A甲基化的整體研究思路展開，詳細解析m6A課題設計中兩個重點思路，一起來學習吧~

關于m6A甲基化的研究，目前有多種思路可供選擇。無論是前期開展預實驗還是申請基金，可以從如下圖1中的研究流程圖展開。當然根據研究方法或研究思路可以與本文所述內容有所不同，針對所提的研究方法可以根據自身實驗設計進行延伸和拓展。

 圖1 m6A甲基化研究思路流程圖

思路1 老數據二次挖掘

第一步：先從原有的表達譜芯片數據或轉錄組數據中，挖掘到差異表達的甲基化酶；
第二步：對挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等進行qPCR驗證，并進行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平發生改變；
第三步：在細胞（動物模型可選）中對這些酶進行敲低和過表達，進行常規的qPCR和WB檢測相關酶表達情況，并用LC-MS/MS法檢測RNA整體m6A水平；
第四步：繼續對這些敲低和過表達的細胞進行轉錄組測序/小RNA測序或表達譜芯片/小RNA芯片，分析哪些基因出現差異表達變化和可變剪切變化；
第五步：找到甲基化酶調控的靶基因，進行敲低和過表達，看甲基化酶缺陷的細胞或動物模型表型能否補救；
第六步：在確定上一步靶基因確實受到甲基化酶調控后，對靶基因上的motif進行點突變后進行驗證；
第七步：鑒定新型的甲基化酶（可選）。

思路2 研究甲基化修飾差異基因

第一步：直接進行m6A-seq和轉錄組測序，找到時間順序或差異表達的基因并用qPCR、WB等方法驗證，此外找到m6A有差異的基因；
第二步：對甲基化酶進行敲低和過表達，檢測RNA整體的m6A水平，之后可進行轉錄組或小RNA測序等方法檢驗甲基化酶敲低和過表達對mRNA或miRNA整體的影響，并著重研究第一步中感興趣的m6A有差異的靶基因；
第三步：對靶基因進行敲低或過表達，是否能夠對甲基化酶異常表達后的表型進行恢復；
第四步：對靶基因上motif進行點突變后進一步確認直接受到甲基化酶調控；
第五步：鑒定新型的甲基化酶（可選）。

今天的內容講完啦，大家記得收藏好慢慢學習哦~

下期預告：m6A甲基化整體研究思路之m6A相關SCI論文發表要求分類匯編