福爾馬林固定、石蠟包埋(FFPE)方法保存固體組織可以準確地保存組織形態，常為臨床病理學家所采用。估計世界范圍內有> 10億的 FFPE樣本，是目前疾病分子層面及臨床研究的重要樣本來源，因而十分珍貴。不過由于FFPE樣品保存過程中核酸已經部分降解了，且DNA往往與組蛋白緊密交聯，因而很難獲得足量和高質量的DNA。

傳統的FFPE核酸抽提方法主要是通過二甲苯或礦物油進行被動擴散脫蠟，多種有機溶劑/水孵育進行組織被動復水，組織勻漿，蛋白酶處理進行組織消化解交聯，*后用苯酚氯仿或硅膠模過柱或磁珠法進行DNA的抽提純化。目前市面上較多FFPE提取試劑盒都屬于這一類傳統方法，不過都或多或少進行了改進和優化，如Qiagen 提供了新型脫蠟液，加入脫蠟溶液后無需沉淀FFPE樣品和去除含有石蠟的上清，減少了樣品損失，并縮短了蛋白酶K孵育的時間。

除了這一類傳統常規FFPE核酸抽提方法，Covaris 基于**自動聚焦聲波技術（Adaptive Focused Acoustics， AFA）的方法也值得關注。Covaris truXTRAC™ FFPE核酸抽提主要通過精準控制的聚焦聲波能量對FFPE樣本進行脫蠟再水化和組織消化、解交聯、核酸釋放和純化。通過超聲乳化、脫蠟：提高樣本水化效果和生物大分子解離，告別二甲苯等有機溶劑由于脫蠟效率和試劑殘留可能造成的對下游實驗的干擾，從樣本到可用于NGS等下游應用的核酸，整個過程僅需不到3小時，同時多數傳統的脫蠟方法僅可處理5-10 μm厚的組織切片，但Covaris方法可處理5-25μm厚的FFPE組織切片。

那么這兩大類型方法，究竟哪一類方法更適合分子診斷層面的需求呢？美國Roswell Park 癌癥研究所Personalized Medicine中心的研究人員對二者抽提的核酸樣本在各大主流測序平臺上進行了驗證比較。
研究人員在研究肺癌FFPE樣本時對于Qiagen的硅膠模過柱法和Covaris的AFA方法進行了一系列包括DNA得率、質量以及兩者抽提的核酸進行后續NGS建庫選取如下肺癌常見檢測基因（見Table1）檢測SNV、插入缺失、拷貝數變異等，進行了一系列的比較。

研究者選取了8種類型癌組織FFPE樣本，包括肺癌，用14 gauge大小的解剖針取樣，同一樣本上的取下的兩個core，分別用Covaris truXtract FFPE DNA isolation和QIAGEN DNeasy tissue kit方法提取核酸。用Qubit and NanoDrop檢測得到DNA量和純度，2100 BioAnalyzer預估片段大小。另一邊選取6個肺癌組織，相同方法分別取樣后同樣分別用兩種方法提取DNA。用焦磷酸測序 (PyroMark)、Ion AmpliSeq PGM和Illumina (MiSeq)NGS二代測序平臺進行突變分析，用NanoString nCounter system分析拷貝數變異。Covaris組DNA樣品額外進行了1:2和1:4的稀釋處理。

結果：Covaris提取的DNA樣本得率和片段長度大多數優于Qiagen提取的。Covaris truXtrac DNA 樣本在進一步的分子診斷測試中也表現的更優。尤其是在MiSeq NGS平臺，提高了簇密度和覆蓋度；Nanostring nCounter 要求的片段長度比PGM還要長，Covaris truXtrac DNA樣本組提高了在nCounter上的count。（見Table2和Figure2）。

研究者*后得出結論與Qiagen提取相比Covaris truXtract isolation kit為肺癌FFPE樣本提供了一個良好提取高質量DNA的解決方案，包括DNA得率和片段大小，預示著即使更小的組織切片也可以收集和提取來進行進一步的分子診斷。此外，Covaris提取的DNA在NGS測序平臺上可以減少25-50%而不影響實驗。

難怪主流測序平臺公司如三代單分子測序Pacbio、Illumina旗下Lucigen（原Epicentre）等在處理FFPE樣本時，均推薦Covaris truXtract。此外，DNA片段化也可同時在truXTRAC流程中完成，簡化了測序文庫制備的流程。

Covaris truXtrct FFPE DNA/RNA試劑盒在Covaris 各型號平臺上均可使用，試劑成本目錄價約￥170/樣。如果您已經有Covaris平臺，除了核酸片段化，還可以拓展它例如FFPE樣本核酸提取、Chip染色質剪切等應用。如果您暫未有Covaris平臺，又面臨FFPE核酸樣本抽提質量不高的問題，請聯系我們，我們可以為您介紹您身邊的Covaris平臺。

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參考文獻:Jeffrey Conroy, Hanchun T. DeFedericis ,et al.DNA Extraction of Lung Cancer Samples for Advanced Diagnostic Testing[J]. OminiSeq Precision Medicine Technology,2016,Sept 9th.