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        Western Blot一定要用看家蛋白做內參?NO!還可以是總蛋白

        【字體: 時間:2016年09月27日 來源:

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          期刊雜志對Western Blot文章發表的要求越來越嚴,這些要求包括如何確保Western Blot的重復性、定量的準確性、均一化方法的選擇等。Nature、JCB、JBC等雜志明確規定Western Blot進行均一化時,要求選擇不受實驗條件影響的方法;JBC甚至還建議優先選擇總蛋白進行均一化。今天基因小編就對Western Blot均一化方法做一簡單總結與分析。

          

        什么是均一化呢?

        Western Blot均一化是指:將目標蛋白信號÷上樣對照信號得到均一化的數據,以此來校正不同樣本之間、不同泳道之間的差異,以獲得準確、可重復的Western Blot的結果。上樣對照一般是穩定表達的內參蛋白,表達量不受環境、實驗處理的影響。

        均一化校正的是什么呢?

        為什么要進行均一化呢?

        均一化校正了樣本之間的差異,保證了Western Blot檢測到的數據是目標蛋白真實的數據。如果沒有進行合適的均一化,不能確保獲取的實驗數據是真實的生物學差異還是實驗導致的誤差(如圖一所示)。

        圖一:均一化校正了樣本之間的差異,保證了Western Blot 檢測到的數據是真實的生物差異而不是實驗導致的誤差。A圖:未進行均一化的數據顯示目標蛋白(紅色)表達量差異較大,樣本四表達量*低;B圖:經內參蛋白(綠色)均一化后數據顯示,樣本之間蛋白表達量差異很小。

        有哪些均一化方法呢?

        比較經典的方法是用看家蛋白做內參進行均一化,看家蛋白又稱管家蛋白,一般被認為在所有的組織中表達恒定且不受實驗條件的影響,主要包括 Actin/Tubulin/GAPDH等,但是進一步的研究表明,在某些實驗條件下,看家基因的表達會因不同類型的組織、不同的發育階段、或不同的實驗條件而變化。另外,用看家蛋白進行均一化需要注意信號飽和的問題,因為一般情況下看家基因表達豐度相對于目標蛋白豐度較高,兩種蛋白可能存在不同的線性范圍,為此實驗人員往往需要調整上樣量。因此為了確保更準確、客觀的的均一化方法,有些研究人員、期刊雜志建議用總蛋白做Western Blot的均一化。

        總蛋白染色---REVERT™ Total Protein Stain

        總蛋白均一化是利用染料對膠上/膜上的總蛋白染色進行均一化,主要包括以下幾種類型:不可逆結合染料法:如考馬斯亮藍染色法、Stain Free法等;可逆結合染料法:REVERT™ Total Protein Stain總蛋白染色法。考馬斯亮藍染色法操作簡單但往往需要同時跑兩塊膠,一塊膠進行染色另一塊膠進行后續免疫試驗,因為是對膠進行染色所以存在不能校正轉印差異的問題;Stain Free等染料不可逆共價結合蛋白法,是對膠上或膜上總蛋白進行染色,由于與蛋白是共價不可逆結合,因此可能會影響抗體與靶蛋白的結合,并且在膜上的背景較高、線性范圍也比較窄;LI-COR REVERT™ Total Protein Stain方法是對膜上總蛋白進行染色,因為是可逆結合所以不會影響后續抗體結合,不干擾Western Blot的檢測,而且是在近紅外波段成像背景較低,靈敏度較高,因此能夠校正Western Blot的所有步驟,適用于任何生物條件下的實驗,成像結果見圖二。

        哪種均一化方法*好?

        沒有哪一種均一化方法是*好的,因此需要了解每一種方法的特點以便選擇一種符合您實驗目的、生物學條件的均一化方法,以校正不同樣本之間的差異,帶給您準確、可重復、可發表的高質量數據。無論您選用哪種均一化方法,LI-COR Odyssey 近紅外激光成像系統都能提供準確的結果。

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