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2014創(chuàng)新產(chǎn)品:全新SNP基因分型平臺
【字體: 大 中 小 】 時間:2015年02月13日 來源:生物通
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在推出不少好產(chǎn)品后,F(xiàn)luidigm創(chuàng)新的腳步并未停歇。2014年,它又推出了全新的SNP基因分型平臺 – Juno系統(tǒng)。它能在不到3小時的時間內(nèi)處理并完成低至2.5ng/ul的DNA樣本的SNP基因分型(比如組織,口腔拭子,血,石蠟包埋組織和多倍體生物),有效突破了基因分型領(lǐng)域目前對高濃度、高質(zhì)量DNA要求的瓶頸。
過去6年,生物通一直在追蹤生命科學(xué)領(lǐng)域最前沿的創(chuàng)新產(chǎn)品,將其介紹給大家。2014年,生物通繼續(xù)搜羅新上市的產(chǎn)品,為大家奉上一場技術(shù)盛宴。經(jīng)過一個半月的網(wǎng)頁和微信投票以及專家評鑒,2014生命科學(xué)十大創(chuàng)新產(chǎn)品終于出爐。
Fluidigm,這家致力于單細(xì)胞生物學(xué)的公司推出了不少創(chuàng)新性的產(chǎn)品,包括C1單細(xì)胞自動制備系統(tǒng),以及新收購的CyTOF 2質(zhì)譜流式細(xì)胞儀,這兩個產(chǎn)品分別在2012和2013年被生物通讀者評為生命科學(xué)創(chuàng)新產(chǎn)品。
然而,F(xiàn)luidigm創(chuàng)新的腳步并未停歇。2014年,它又推出了全新的SNP基因分型平臺 – Juno系統(tǒng)。它能在不到3小時的時間內(nèi)處理并完成低至2.5ng/ul的DNA樣本的SNP基因分型(比如組織,口腔拭子,血,石蠟包埋組織和多倍體生物),有效突破了基因分型領(lǐng)域目前對高濃度、高質(zhì)量DNA要求的瓶頸。
基于此,Juno系統(tǒng)當(dāng)選2014年度的生命科學(xué)創(chuàng)新產(chǎn)品。為了讓大家更好地了解Juno系統(tǒng)以及Fluidigm的其他新產(chǎn)品,生物通采訪了Fluidigm中國公司的業(yè)務(wù)經(jīng)理。
Q:與傳統(tǒng)的基因分型平臺相比,Juno系統(tǒng)有哪些優(yōu)勢?
A:SNP基因分型的傳統(tǒng)方法使用微流控芯片或者微量滴定板(這需要相當(dāng)量的試劑從而導(dǎo)致很高的成本)和高濃度,高質(zhì)量的樣本。高成本和樣本的高質(zhì)量的限制阻礙了在生產(chǎn)基因組學(xué)中使用例如口腔拭子和石蠟包埋組織等低濃度DNA樣本。
Fluidigm公司的Juno系統(tǒng)第一次使用了一種微流控芯片技術(shù),它在一塊芯片上整合了預(yù)擴(kuò)增和基因分型,能對高達(dá)96個樣本和96個位點(diǎn)進(jìn)行基因分型。為了解決傳統(tǒng)SNP基因分型實(shí)驗(yàn)的限制,新的芯片只需要5.5ng的DNA,濃度為2.5ng/ul。
Juno平臺在降低使用開放型的微量滴定板做多步驟的實(shí)驗(yàn)流程中存在的錯誤和PCR污染的風(fēng)險的同時,大大縮短數(shù)據(jù)采集的時間。雖然市場上的其他解決方案需要多次動手步驟并且從樣本到數(shù)據(jù)的時間至少是5小時,但是一步法的,全自動的Juno系統(tǒng)的工作流程只需要15分鐘準(zhǔn)備試劑,在不到3小時的時間內(nèi)就能拿到數(shù)據(jù)。Juno平臺的靈活性和易用性將使核心實(shí)驗(yàn)室可以簡單地滿足許多不同客戶的需求,并且系統(tǒng)在一塊芯片上整合預(yù)擴(kuò)增和基因分型的能力將使臨床實(shí)驗(yàn)室能經(jīng)濟(jì)地從低濃度DNA樣本中獲得快速和準(zhǔn)確的結(jié)果。
Q:Juno系統(tǒng)在什么時候上市?適用于哪些研究領(lǐng)域?
A:Juno系統(tǒng)已于2014下半年度上市,并已在中國售出四臺。它的目標(biāo)用途包括生物樣品庫和細(xì)胞培養(yǎng)機(jī)構(gòu)的樣品識別、質(zhì)控和DNA指紋鑒定的應(yīng)用,以及農(nóng)業(yè)生物學(xué)客戶在芯片原位的預(yù)擴(kuò)增和基因分型的應(yīng)用。
Q:針對NGS,F(xiàn)luidigm也推出了不少產(chǎn)品,能不能簡單介紹一下。
A:FLUIDIGM公司的捕獲芯片系統(tǒng)(Access Array System)與第二代重測序相結(jié)合成為一種強(qiáng)有力的方法,可以對成百甚至更多的樣品進(jìn)行SNP鑒定、序列多樣性和突變檢測、DNA甲基化檢測、外顯子測序等。重測序的應(yīng)用只需對感興趣的目標(biāo)序列區(qū)段在多個樣品中進(jìn)行測序,比每個樣品進(jìn)行全基因組測序更便宜有效且易于分析。要充分發(fā)揮第二代測序高通量的潛力要求快速而簡便的制備目標(biāo)序列的測序文庫。目前市面上目標(biāo)序列重測序的技術(shù)大都集中對較少數(shù)的DNA樣品中捕獲感興趣的長片段序列,每個樣品需要消耗大量的DNA,而且制備的測序文庫中不同目標(biāo)區(qū)段的相對含量很不均一。
這是第一個可以和目前所有主要的第二代測序系統(tǒng)相匹配的高通量目標(biāo)區(qū)段富集系統(tǒng)。用戶可以從大量的樣品中一次性地富集數(shù)百個不同的區(qū)段序列(例如外顯子)。這個系統(tǒng)充分結(jié)合了微流體技術(shù)的成本和通量優(yōu)勢以及PCR的高效性及靈活性。