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液體活檢:收集腫瘤特異的指紋
【字體: 大 中 小 】 時間:2015年11月03日 來源:生物通
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如果醫生想深入了解腫瘤,他們的選擇很有限。他們可以掃描相關區域、采集組織活檢,或監控血液的標志物,如PSA或CA 125。不過,這些都不太理想:成像的分辨率不高,活檢是侵入性的,而良好的標志物是少之又少。最理想的情況是,研究人員能通過簡單的血液檢測來實現組織活檢的敏感性和特異性。
如果醫生想深入了解腫瘤,他們的選擇很有限。他們可以掃描相關區域、采集組織活檢,或監控血液的標志物,如PSA或CA 125。不過,這些都不太理想:成像的分辨率不高,活檢是侵入性的,而良好的標志物是少之又少。
最理想的情況是,研究人員能通過簡單的血液檢測來實現組織活檢的敏感性和特異性。如今,液體活檢的出現,讓這一切成為可能。
液體活檢
據斯坦福大學醫學院的助理教授Max Diehn介紹,就傳統的癌癥標志物而言,普遍的問題是特異性。“對于之前探索的大多數生物標志物,正常細胞也會產生,因此并不是腫瘤細胞所獨有的。這意味著,它們往往不是很特異。”液體活檢則通過搜索血液及其他體液中更加特異的腫瘤指紋,來克服這方面的缺陷。
這些指紋有兩種形式。循環腫瘤細胞(CTC)是從腫瘤上脫落的活細胞,可能代表了轉移的種子;循環腫瘤DNA(ctDNA)則是來自死細胞的遺傳物質,通常以DNA短片段的形式存在。Diehn實驗室最近介紹了一種檢測非小細胞肺癌患者血液中的ctDNA的方法,這些片段的平均長度為170 bp 1。
當然,正常細胞也存在于血液中,而且每天都有正常細胞死亡。因此,無論研究人員是尋找CTC還是ctDNA,他們都必須慧眼識珠。對于CTC,這通常是借助細胞表型來實現的,如利用Janssen Diagnostics的CELLSEARCH分析,它根據上皮細胞標志物的表達來選擇細胞。
對于ctDNA,研究人員必須根據它們的序列來挑出片段,這是個艱巨的任務,因為沒突變的DNA不能提供信息。因此,這項技術適用于突變已知的情況。例如,Diehn開始鑒定NSCLC患者中常常突變的基因組區域,生成CAPP-Seq selector文庫。這個寡核苷酸集合代表了139個基因的521個外顯子和13個內含子。研究小組利用它來收集血漿中的互補DNA片段,并以高覆蓋度測序。
根據2014年約翰霍普金斯大學醫學院的研究,ctDNA可在各類腫瘤患者的血漿或血清中發現,不過隨著腫瘤位置和分期的不同,分析的敏感性也有差異。“75%的晚期胰腺癌、卵巢癌、大腸癌、膀胱癌、胃癌、乳腺癌等癌癥患者中可檢測到ctDNA,不過對于原發性腦癌、腎癌、前列腺癌或甲狀腺癌,檢測率不到50%,”作者寫道2。
約翰霍普金斯大學的腫瘤學教授Nickolas Papadopoulos表示,研究人員可以通過靠近源頭來實現更高的敏感性,比如,在檢查泌尿生殖系統腫瘤時檢測尿液,或在檢查頭頸部癌癥時檢測唾液。實際上,研究小組最近發現通過腦脊液檢查,使得中樞神經系統的腫瘤檢測有所改善3。
如同許多ctDNA研究一樣,霍普金斯的團隊也使用靶向測序來檢測ctDNA。在這種情況下,一種稱為Safe-SeqS的條形碼策略可準確報告樣本中的ctDNA分子數量。研究人員也可以利用數字PCR來定量具體的變化,不過有的作者指出,“數字PCR分析提供了高的準確性和靈敏度,但需要個性化分析的設計,這是限速步驟”4。

有利有弊
研究人員檢測癌癥患者的血液及其他體液中的ctDNA,使其成為一種有潛力的生物標志物。然而,據Papadopoulos介紹,ctDNA不僅僅是指標,似乎還與“腫瘤負荷”有關,其水平隨疾病嚴重程度而升高。此外,一些早期的癌癥也能檢測到ctDNA,表明不僅可使用ctDNA來監控現有的癌癥,還能作為篩查工具。
美國國家癌癥研究所淋巴治療科的科長Wyndham Wilson表示,ctDNA還能用于預測腫瘤的復發。在一項彌漫性大B細胞淋巴瘤的研究中5,ctDNA能夠在CT掃描前幾個月就發現腫瘤復發。因此,醫生能夠更早治療患者,改善他們的長期預后。
然而,ctDNA作為篩查工具,也面臨一些潛在的問題。目前還不清楚ctDNA在不同的癌癥類型、分期和患者中的普遍程度。即使檢測到ctDNA,也不清楚是體內哪里產生的,或者即使檢測到的突變與腫瘤存在一定關聯,也需要后續檢測。
相比之下,CTC分析能提供基因組完整的活細胞。因此,研究人員可分離出這些細胞,在顯微鏡下觀察它們,并研究每個細胞的基因組和蛋白表達。Aviva Biosciences公司的研發副總裁Antonio Guia認為,這帶來了比ctDNA分析更廣譜的方法,因此你不必看特定基因的特定片段。
最近,哈佛大學的Daniel Haber及其同事就開展了一些研究,利用單細胞RNA-Seq來鑒定單個前列腺癌CTC的信號差異,并將這些差異與治療反應相關聯6。研究小組利用一種稱為CTC-iChip的微流體設備來分離CTC,它根據CD45或CD66的表達將CTC與其他血細胞分離。
不過,對于液體活檢而言,問題并不在于選擇CTC還是ctDNA。Janssen Diagnostics的首席醫療官Jorge Villacian認為,兩種標志物能提供互補的信息,作為臨床工具都有市場。這家公司專注于CTC診斷。
“腫瘤醫生以及監管部門對液體活檢的概念了解得越多,對每個人都是雙贏的 – 對患者、對醫生以及對制度本身,因為這將使得發病率更低、并發癥更少,并改變早期治療,對患者有利。”
(作者:Jeffrey M. Perkel / 生物通編譯)
參考文獻
[1] Newman, AM, et al., “An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage,” Nat Med, 20:548-54, 2014. [PMID: 24705333]
[2] Bettegowda, C, et al., “Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies,” Sci Transl Med, 6:224ra24, 2014. [PCMID: PMC4017867]
[3] Wang, Y, et al., “Detection of tumor-derived DNA in cerebrospinal fluid of patients with primary tumors of the brain and spinal cord,” Proc Natl Acad Sci, 112:9704-9, 2015. [PMID: 26195750]
[4] Dawson, S-J, et al., “Analysis of circulating tumor DNA to monitor metastatic breast cancer,” New Engl J Med, 368:1199-1209, 2013. [PMID: 23484797]
[5] Roschewski, M, et al., “Circulating tumour DNA and CT monitoring in patients with untreated diffuse large B-cell lymphoma: A correlative biomarker study," Lancet Oncology, 16:541-9, 2015. [PMID: 25842160]
[6] Miyamoto, DT, et al., “RNA-Seq of single prostate CTCs implicates noncanonical Wnt signaling in antiandrogen resistance,” Science, 349:1351-6, 2015. [PMID: 26383955]