生物通報道：2015開年第一期《Nature Methods》雜志除了評出2014年度技術以外，還對一些熱門技術進行了一番展望。在新的一年里，非編碼RNA（ncRNA）將依然是人們矚目的焦點，預計會有更多分析ncRNA功能的新方法涌現出來。（延伸閱讀：Nature Methods評出2014年度技術）

不編碼蛋白質的RNA被稱為非編碼RNA（ncRNA）。從上世紀六十年代的tRNA、八十年代的rRNA、到九十年代的microRNA，ncRNA不斷刷新著人們對RNA重要性的認識。隨著RNA測序及其衍生技術（比如CaptureSeq）的出現，人們發現了更多種類的ncRNA，比如長度超過200nt且不具有開放閱讀框的lncRNA，以及源自啟動子、增強子等調控區域的短轉錄本。

人們逐漸意識到，包括環狀RNA（cRNA）、競爭性內源RNA（ceRNA）在內的一些短RNA是其他ncRNA的調控者，比如microRNA。不過，大部分ncRNA的功能至今還未能明確。

為了闡明lncRNA的作用，近年來人們進行了大量的努力和嘗試。舉例來說，elife雜志上發表的一項研究通過多重敲除小鼠模型，展示了lincRNA對生命和大腦發育的必要性，為日后的大規模lncRNA功能研究奠定了基礎。

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與此同時，人們也開始反思目前ncRNA的分類體系。迄今為止人們已經鑒定了數千種lncRNA，但還沒能有效區分功能性RNA和偽轉錄事件。其中部分原因是，目前RNA分類的基礎是技術而不是生化標準。

Nature Communications雜志上的一項研究建立了一個新的RNA分類策略。研究顯示，根據RNA轉錄起始的特點及其對細胞核RNA外切復合體（exosome complex）的敏感性，可以正確而有效地分類已注釋的各種轉錄本，包括已知功能的lncRNA。這種策略能夠從大量不穩定的轉錄本中鑒定出穩定的未知lncRNA，有助于研究已知RNA和新RNA的功能。

要了解ncRNA的作用機制，我們需要知道RNA的結構、修飾及其結合對象。此外，統一的命名體系可以幫助我們更好的添加新成員，明確不同ncRNA在功能上的聯系，特別是lncRNA。開發更好的計算工具對ncRNA進行預測，將對這一領域產生重要的影響。此外，我們也亟需更好的數據庫，以便比較ncRNA的結構、功能和對疾病的影響。

參考文獻：

Multiple knockout mouse models reveal lincRNAs are required for life and brain development. elife

Nuclear stability and transcriptional directionality separate functionally distinct RNA species. Nature Communications

生物通編輯：葉予

生物通推薦原文：

METHOD TO WATCH：Understanding noncoding RNAs