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Nature Methods十周年,十大技術盤點(上)
【字體: 大 中 小 】 時間:2014年10月08日 來源:生物通
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Nature Methods雜志在十周年之際推出了紀念特刊,點評了在過去十年中對生物學研究影響最深的十大技術。二代測序、CRISPR、單分子技術、細胞重編程、光遺傳學、超高分辨率顯微鏡等紛紛上榜。
生物通報道:Nature Methods雜志在十周年之際推出了紀念特刊,點評了在過去十年中對生物學研究影響最深的十大技術。二代測序、CRISPR、單分子技術、細胞重編程、光遺傳學、超高分辨率顯微鏡等紛紛上榜。
二代測序
二代測序或大規模并行測序的出現,幾乎影響了生物學領域的每一個角落。這一技術允許科學家們測序基因組、評估遺傳學變異、定量基因表達、研究表觀遺傳學調控、探索微觀生命,將各種分析和篩選輕松升級。技術革新使測序數據的數量和質量不斷攀升,測序文庫的構建也在不斷的進步。現在人們已經可以檢測限制性材料或發生降解的樣本,靈活靶標序列空間的一部分,標記細胞中各種各樣的分子,捕捉分子相互作用和基因組結構。此外,計算工具也為解讀二代測序的海量數據立下了汗馬功勞,為人們揭示了序列變異、調控和進化的基礎信息。
基因組工程
基因組工程可以在體外培養的細胞、模式和非模式生物中,進行自定義的改動,這類技術為相關研究帶來了極大的便利。研究者們能夠在這些工具的幫助下敲除基因、引入突變或者構建融合基因。舉例來說,人們用酶切割特定的基因組序列,啟動細胞的修復過程,并由此作出想要的序列改變。Meganuclease、鋅指酶和TALEN通過各自的DNA結合域來靶向目的序列。最近,CRISPR-Cas9系統成為了這一領域的新寵兒。該系統使用RNA為核酸酶導航,不僅很容易設計,而且能夠改寫幾乎任何基因組序列。
單分子技術
研究單個分子(比如蛋白或DNA)的行為能夠揭示重要的生物學機制,這一點是平均化分子研究無法企及的。近十年來,一些單分子技術逐步成熟。比如,力譜(force spectroscopy)技術可以檢測分子的結合、折疊或機械行為,而熒光顯微鏡能夠在體外和體內對單分子進行追蹤。新興的單分子技術還包括,能夠測序單分子的納米孔技術,不用標記就能檢測單分子的光學和plasmonic設備。這些工具的出現,使人們能夠以空前的深度探索單分子的功能。
光切成像(Light-sheet imaging)
光切成像這個老技術迎來了自己的第二春,這是因為成像設備(包括顯微鏡和相機)、熒光探針和圖像分析技術得到了很大的改進。 光切成像技術利用很薄的一層光來照射樣品,而不是通過點光源或全場照明,能夠快速地對生物樣品進行高分辨的三維成像,同時降低了光毒性。神經學和發育生物學的研究者們,正在許多生物中用光切成像研究基本的生物學過程,例如胚胎發育和大腦功能。(延伸閱讀:2013生命科學七大進展)
基于質譜分析的蛋白質組學
十年前,基于質譜分析的蛋白質組學研究還是一個相對小眾的領域,傳統細胞生物學家對它并不熟悉。然而,質譜分析儀的速度和性能在這十年迅速提升,樣品制備、實驗設計和數據分析也取得了巨大的進步,數據可重復性和全面性的許多問題得以解決。這些發展導致這一領域煥發了蓬勃的生機。對特定細胞狀態的蛋白質組進行深入定量的圖譜分析,過去需要儀器運行好幾天,現在只要幾個小時就能完成。現在,許多研究者通過質譜分析在系統水平上研究蛋白的功能,比如對蛋白質翻譯后修飾和蛋白質互作進行圖譜分析。
生物通編輯:葉予
生物通推薦原文:
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