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DNA SMART技術讓ChIP Seq研究更輕松
【字體： 大 中 小 】 時間：2014年12月09日 來源：Takara
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大部分ChIP測序文庫的制備需要測序接頭連接，但是這些制備方法的起始材料僅限于雙鏈DNA。DNA SMART ChIP-Seq Kit提供了一種強大、可靠的DNA ChIP-seq方法，尤其適用于低起始量材料（100 pg–10 ng），整個文庫制備過程只需4小時，不僅適用于dsDNA也適用于ssDNA，是DNA CHIP-Seq的理想選擇。
Clontech是cDNA合成技術的引領者，近年來SMART(Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template)技術被公認為是微量RNA和單細胞RNA-seq的行業金標準。現在創新的DNA SMART技術將模板轉換機制的優勢拓展到了DNA分析，利用DNA SMART ChIP-Seq Kit無需接頭連接即可構建ChIP測序文庫，極大地縮短了實驗進程。
科學技術的發展有時需要突破實驗技術的挑戰，如何從染色質免疫共沉淀（ChIP）實驗中獲得的少量DNA制備新一代測序（NGS）文庫就是科研人員面臨的挑戰之一。大部分ChIP測序文庫的制備需要測序接頭連接，但是這些制備方法的起始材料僅限于雙鏈DNA。DNA SMART ChIP-Seq Kit提供了一種強大、可靠的DNA ChIP-seq方法，尤其適用于低起始量材料（100 pg–10 ng），整個文庫制備過程只需4小時，不僅適用于dsDNA也適用于ssDNA，是DNA CHIP-Seq的理想選擇。
DNA SMART技術
DNA SMART技術傳承了SMART技術的優勢，無需接頭連接和純化，整個過程依賴于SMARTScribe Reverse Transcriptase（RT），該RT可以復制DNA模板并在新合成的DNA 3’端添加幾個核苷酸，巧妙設計的DNA SMART Oligonucleotide的末端可與這幾個額外的核苷酸互補延伸DNA模板，SMARTScribe Reverse Transcriptase可以繼續復制模板至oligonucleotide的末端從而在新合成的DNA末端直接添接頭序列。利用含有Illumina測序接頭的引物通過PCR擴增即可獲得測序文庫。
Flowchart of technology in the DNA SMART ChIP-Seq Kit. This single-tube workflow allows users to generate Illumina-compatible libraries for ChIP-seq experiments. After library size selection and purification, the total time from input DNA to ChIP-seq library is approximately four hours.
優化的實驗流程
DNA SMART ChIP-Seq Kit采用了PCR擴增制備文庫后進行片段長度選擇和純化的一體化流程，與其他采用PCR擴增前進行片段長度選擇的方法相比，PCR后片段篩選可以在獲得高質量文庫的同時獲得高產量文庫。
擴增后進行片段長度選擇并不會影響測序數據的質量，Peaks的分布和形態與報道的ENCODE數據吻合。
高靈敏度文庫制備
DNA SMART ChIP-Seq Kit可以極微量的片段化DNA為起始制備測序文庫。以不同起始量材料制備的文庫都可以獲得很高數量的特異的、非重復讀段，并且不同起始量文庫均可獲得相近的峰數。
利用DNA SMART ChIP-Seq Kit可以制備重復性很高的測序文庫，起始量100 pg以上時，相同起始量制備的技術重復文庫可以獲得>93%的重疊，不同起始量制備的文庫之間的重疊>94%。
ChIP-seq library complexity and reproducibility is maintained across input amounts. The reproducibility between technical replicates was similar across input amounts (Panel A). The non-redundant rate (normalized for 10 million uniquely mapped reads) was well above the standard recommended by the ENCODE project (0.8) for inputs >0.5 ng (Panel B; error bars indicate the standard deviation of two technical replicates). Compared to the 4 ng library, the number of peaks were similar across lower input libraries (Panel C). The shape and location of the peaks was similar across input levels, and matched very well to ENCODE data (293 cells, anti-H3K4me3 antibody, U. Washington), even for as little as 50 pg input DNA (Panel D).
DNA SMART ChIP-Seq Kit基于改良的模板轉移機制，無需接頭連接即可制備測序文庫，兼容ssDNA和dsDNA，是微量DNA ChIP-seq的理想選擇。DNA SMART ChIP-Seq Kit拓展了SMART技術在新一代測序中的應用，了解更多SMART技術在新一代測序中的應用請點擊www.clontech.com/NGS。
