突破性的技術：在短短48小時內完成全基因組范圍的實體瘤拷貝數分析，僅需80ng起始DNA

2013年8月5日，來自加利福尼亞Santa Clara的消息——Affymetrix公司（納斯達克代碼：AFFX）宣布將于本周在芝加哥舉行的癌細胞基因組學芯片論壇(CCMC)上推出全新的OncoScan™ FFPE芯片，一種適用于高度降解的FFPE實體瘤樣本的全基因組拷貝數分析方案。

盡管癌癥研究人員和臨床醫生的需求在不斷增長，但從腫瘤FFPE樣本的降解DNA中獲得高質量、全基因組的拷貝數信息仍然極具挑戰性，因為目前的方法（如FISH、array CGH和新一代測序技術NGS）存在局限性。

全新的OncoScan FFPE芯片利用Affymetrix獨特的分子倒置探針（MIP）技術，能夠快速經濟地分析來自FFPE樣本的少量的高度降解的DNA，讓實體瘤癌癥分析向前邁進了一大步。

這一新產品在一次實驗中即可提供全基因組范圍的拷貝數數據，且在全基因組內大約900個已知的癌基因、雜合性缺失（LOH）上的分辨率極高，同時可以提供臨床相關的獲得性突變的數據。在分析軟件方面，研發人員升級了早一代的BioDiscovery Nexus軟件，增加了許多轉為癌癥分析設計的功能，命名為OncoScan™ Nexus Express軟件，它實現了幾分鐘內數百個樣本的拷貝數分析能力，也將隨產品免費提供。

在今年早些時候，一些領先的癌癥研究機構已成功測試了該芯片，其中包括M. D. Anderson癌癥中心、Memorial Sloan Kettering 癌癥中心和ARUP實驗室。

“我們在多個實體瘤組織上開展了新的OncoScan™ FFPE芯片的測試，包括黑色素瘤、神經膠質瘤、乳腺癌和脂肪肉瘤，”ARUP實驗室的醫學主管Sarah South評論道。“我們按照建議使用80 ng來自FFPE的DNA，并能夠在48小時內完成分析。我們能夠在一些關鍵癌基因（包括ERBB2、MDM2、EGFR和MYC）中檢測到經FISH驗證的畸變，表明OncoScan FFPE芯片可作為FISH檢測的替代，來驗證實體瘤組織中的癌基因畸變，且分辨率和特異性更高。由于OncoScan FFPE分析試劑盒有著全基因組的分辨率，我們也獲得了這些樣品中寶貴的拷貝數畸變的信息。”

波恩大學神經病理學研究所的Torsten Pietsch教授根據他對大批量FFPE腦瘤樣本的經驗，指出，“我們相信，OncoScan FFPE芯片是一個強大的平臺，可快速發現和驗證新的預后拷貝數標記，這對臨床檢測腫瘤特異性擴增增長很有用，可作為患者分級的標記。”

“拷貝數畸變的意義正在越來越多的基因上建立；然而，很少有研究意識到實體瘤的潛力，因為處理低起始量的FFPE樣本存在挑戰，”Affymetrix遺傳分析和臨床應用業務部門的執行副總裁Andy Last談道。“對于那些希望快速經濟地分析數百個降解的FFPE樣本以便將拷貝數畸變與結果數據相關聯的癌癥實驗室而言，OncoScan FFPE分析試劑盒是個全新的產品。此外，檢測一系列臨床相關的獲得性突變的能力為檢測和分析增添了更多價值。”

此項技術之前是通過Affymetrix研究服務實驗室的OncoScan™ Express 2.0服務來提供的，展現出空前的成功率，在過去兩年已有70多篇文章發表。該平臺實現了高度降解樣本的DNA檢測，從保存了十年或以上的FFPE樣本中挖掘出豐富的信息。

Affymetrix公司現已接受訂單，最早將在今年9月開始發貨。

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本新聞稿中提及的產品僅供研究使用。不適用于診斷。

來源：Affymetrix公司