
-
生物通官微
陪你抓住生命科技
跳動的脈搏
Caliper微流體芯片技術(shù)——GQS評估基因組DNA質(zhì)量的新方法[新品推薦]
【字體: 大 中 小 】 時間:2013年05月15日 來源:
編輯推薦:
基因有限公司的Caliper微流體芯片技術(shù),獨創(chuàng)GQS(基因組DNA質(zhì)量分數(shù)),用于評估基因組DNA的完整性,以保證gDNA的高質(zhì)量以進行后續(xù)研究分析,是下一代測序和分子診斷等得到高質(zhì)量結(jié)果的決定性步驟。
隨著疾病和藥物治療在遺傳水平上的研究越來越普遍,高質(zhì)量基因組DNA的有效性及評估其質(zhì)量的方法是必不可少的。在一些研究中,比如下一代測序和分子診斷,保證基因組DNA的完整性(有大片段的分布并沒有降解)是得到高質(zhì)量結(jié)果的決定性步驟。
目前,瓊脂糖凝膠通常被用于直觀的分析基因組DNA的質(zhì)量。這些凝膠是可以提供信息的,但是也同樣存在差異性,如大小,smearing,定量和染色(尤其在加入量不同時)等。另外,以膠為基礎(chǔ)的實驗很難實現(xiàn)自動化,或者難于分析大量的樣品,也不能提供真實的分布情況和得到數(shù)字化的數(shù)據(jù)結(jié)果。
Lab on Chip技術(shù)主要是使用LabChip GX儀器(一個高通量,自動化的微流體芯片電泳分離平臺)來評價基因組DNA的質(zhì)量。這個分析產(chǎn)生了一個質(zhì)量參數(shù)標準- 基因組DNA質(zhì)量分數(shù)the gDNA Quality Score (GQS)-以確定一個樣本可以進行后續(xù)分析的可接受的標準。基因組DNA質(zhì)量分數(shù)(GQS)范圍從0到5,分數(shù)為5表現(xiàn)為*高質(zhì)量。由LabChip GX儀器帶來的高度的重復性、通用性和高通量克服了依賴于凝膠方法的局限。而且,數(shù)據(jù)結(jié)果是數(shù)字化的,更方便于存檔和發(fā)布。

LabChip GX儀器預充芯片,并自動化的得到樣本的電泳分析結(jié)果。樣本逐個由毛細管自動化的吸取,當樣本進入到芯片中,樣本在微流體芯片管路中被染色,分離和檢測。有兩種芯片制備的方法,分別為每輪分析24個樣本和48個樣品。每個樣本的分析時間為2.5分鐘,結(jié)果顯示為電泳峰圖(Figure 1A)和膠圖(Figure 1B)。另外,一個基因組DNA質(zhì)量分數(shù),GQS來自于gDNA的大小分布;質(zhì)量分數(shù)和樣品的濃度等信息都會在軟件中顯示。Figure 2展示的是3個樣本產(chǎn)生不同程度的降解;降解越多的樣本GQS分數(shù)越小。

Figure 1. 從1 to 50 ng/μL梯度稀釋的基因組DNA的電泳峰圖 (A) 和 膠圖(B)

Figure 2.基因組DNA在片段化酶的作用下降解程度的電泳峰圖和膠圖。1 μL enzyme / 1 μg gDNA孵育3-20分鐘,GQS分數(shù)隨著降解程度的增加而減小。

Figure 3. 4個gDNA樣品的電泳峰圖,其中,GQS 1.1的分數(shù)建議此樣品不適合用于下游應(yīng)用。其他的樣品,GQS分數(shù)大于3,是適合后續(xù)研究應(yīng)用的。