這個(gè)夏天，德國(guó)爆發(fā)了嚴(yán)重的大腸桿菌疫情，3500人感染，50人死亡。全世界多個(gè)研究小組迅速調(diào)動(dòng)他們的實(shí)驗(yàn)室，對(duì)這種細(xì)菌基因組進(jìn)行測(cè)序和分析，在幾天之內(nèi)找到有效的治療方案。馬里蘭大學(xué)醫(yī)學(xué)院的David Rasko正是其中的一位，他與來(lái)自丹麥國(guó)立血清研究所的小組合作，對(duì)細(xì)菌進(jìn)行測(cè)序，并研究了此次爆發(fā)的流行病學(xué)。在本周舉行的美國(guó)分子病理學(xué)會(huì)年會(huì)上，Rasko談了他的經(jīng)驗(yàn)，他認(rèn)為全基因組測(cè)序能在快速響應(yīng)疾病爆發(fā)上占據(jù)一席之地。

Rasko談到，來(lái)自華大基因、德國(guó)哥廷根大學(xué)、美國(guó)/丹麥小組的研究人員及其他都利用了不同的技術(shù)對(duì)細(xì)菌進(jìn)行測(cè)序，而每一種技術(shù)都有其自身的優(yōu)勢(shì)。利用Life Technologies的Ion Torrent個(gè)人型操作基因組測(cè)序儀（PGM），德國(guó)和中國(guó)的研究人員能夠在3小時(shí)內(nèi)測(cè)序，并在5天內(nèi)開(kāi)發(fā)出診斷檢測(cè)。隨后研究小組發(fā)布了多名研究人員分析出的原始數(shù)據(jù)。

Rasko的小組則利用Pacfic Biosciences的技術(shù)來(lái)對(duì)細(xì)菌測(cè)序。盡管PacBio的儀器耗時(shí)略長(zhǎng)，但Rasko表示他的研究小組產(chǎn)生了更長(zhǎng)的讀取。由于所有技術(shù)和快速分析是由專家完成的，所以研究小組能夠?qū)⒋舜伪�發(fā)菌株的基因組與其他大腸桿菌菌株進(jìn)行比較，構(gòu)建了一個(gè)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，并確定此菌株（O104:H4）是從未出現(xiàn)過(guò)的，攜帶了志賀氏毒素。

功能基因組學(xué)分析告訴研究人員，就像平時(shí)細(xì)菌感染一樣使用環(huán)丙沙星進(jìn)行治療，會(huì)使病人感覺(jué)更糟，這正是因?yàn)橹举R氏毒素。而比較基因組學(xué)分析表明，爆發(fā)菌株中存在的一個(gè)質(zhì)粒賦予了它耐藥性的基因。Rasko認(rèn)為，所有這些表明全基因測(cè)序及隨后的基因組學(xué)分析可協(xié)助醫(yī)生更及時(shí)、徹底、高效地對(duì)付疾病爆發(fā)。（生物通編譯）

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