Arraystar 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片
定量檢測(cè)表觀轉(zhuǎn)錄修飾
RNA轉(zhuǎn)錄后修飾，比如m6A, m1A, m5C, 和假尿嘧啶（Ψ）修飾，共同組成了表觀轉(zhuǎn)錄組，是一種新層次的基因表達(dá)調(diào)控方式。m6A是mRNA和lncRNA上含量最豐富的修飾，在轉(zhuǎn)錄后各個(gè)水平影響mRNA/lncRNA 的代謝和功能 [1]。此外，m6A還參與了其它ncRNA的功能，例如，調(diào)控circRNA非帽子依賴(lài)的翻譯起始[2]和pri-miRNA的成熟過(guò)程[3]。
RNA修飾的潛在功能不僅取決于其所修飾的是何種基因轉(zhuǎn)錄本，同時(shí)也取決于被修飾部分在該轉(zhuǎn)錄本中所占的百分比。然而，目前大部分轉(zhuǎn)錄組水平的RNA修飾檢測(cè)方法（如MeRIP測(cè)序）著重于尋找轉(zhuǎn)錄本上的修飾位點(diǎn)，不能夠定量地檢測(cè)被修飾轉(zhuǎn)錄本的百分比。這一類(lèi)定量信息的缺乏已引起越來(lái)越多科研工作者的關(guān)注[1,4]。
Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片結(jié)合雙色熒光芯片標(biāo)記系統(tǒng)和RNA修飾免疫共沉淀技術(shù)，對(duì)每個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的修飾百分比進(jìn)行定量，對(duì)于MeRIP-seq很難檢測(cè)到的 RNA類(lèi)型（比如lncRNA和circRNA），芯片也具有良好的靈敏度和精確性。
• Arraystar mRNA&lncRNA表觀轉(zhuǎn)錄組芯片: 適用于mRNA, lncRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA 和 snRNA
• Arraystar circRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片: 適用于circular RNA
MeRIP測(cè)序 vs. Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片
|
MeRIP測(cè)序 |
Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片 |
應(yīng)用 |
· 定位修飾位點(diǎn)
· 無(wú)法定量每種轉(zhuǎn)錄本中發(fā)生表觀修飾的轉(zhuǎn)錄本的占比 |
采用雙色熒光芯片標(biāo)記系統(tǒng)，準(zhǔn)確檢測(cè)每種轉(zhuǎn)錄本中發(fā)生表觀修飾的轉(zhuǎn)錄本的占比 |
修飾百分比 |
No |
Yes |
RNA種類(lèi) |
Poly( A+) mRNA |
mRNA, lncRNA, circRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA, snRNA |
轉(zhuǎn)錄本特異性 |
無(wú) |
良好 |
RNA 樣本 |
細(xì)胞系，大量組織 |
細(xì)胞系，組織，少量或降解樣本（石蠟包埋樣本、血清、血漿） |
RNA 量 |
≥ 120 μg 總 RNA |
≥ 1μg 總RNA |
分離mRNA或去除rRNA |
需要 |
不需要 |
RNA完整性 |
需要 |
不需要 |
Arraystar 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片特點(diǎn)
定量檢測(cè)修飾百分比
Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片能夠在同一個(gè)芯片中通過(guò)雙色通道的方法檢測(cè)每個(gè)轉(zhuǎn)錄本修飾亞群和非修飾亞群的百分比（右圖），同時(shí)對(duì)何種轉(zhuǎn)錄本發(fā)生修飾和不同條件下轉(zhuǎn)錄本的修飾差異進(jìn)行鑒定。
轉(zhuǎn)錄本特異性檢測(cè)
傳統(tǒng)MeRIP-seq，因測(cè)序深度覆蓋要求、短reads組裝和定量不精確，難以在轉(zhuǎn)錄本特異性水平進(jìn)行定量。而Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片使用外顯子和跨剪接位點(diǎn)特異性探針，確保了每個(gè)轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體修飾水平檢測(cè)的可信度與精確性，提供了更深層次的表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)信息。
低至1ug的RNA要求量
目前MeRIP-seq需要大量的總RNA（≥120ug），而Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片總RNA起始量低至1ug，適用于很多取材有限的生物學(xué)樣本，為更多的課題研究提供了機(jī)會(huì)。 |
|
圖釋?zhuān)?/strong>Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片可以在同一張芯片上使用Cy5檢測(cè)免疫共沉淀的修飾RNA，用Cy3檢測(cè)上清中的非修飾RNA，從而檢測(cè)每一個(gè)轉(zhuǎn)錄本中修飾和非修飾的百分比。 |
Arraystar 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片列表
| Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片 |
規(guī)格 |
產(chǎn)品內(nèi)容 |
Human mRNA&lncRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片(m6A) |
8×60K |
44,122 mRNAs; 12,496 lncRNAs; 3,813 Mid-size ncRNAs |
Mouse mRNA&lncRNA表觀轉(zhuǎn)錄組芯片(m6A) |
8×60K |
48,161 mRNAs; 8,393lncRNAs; 4,087 Mid-size ncRNAs |
Rat mRNA&lncRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片 (m6A) |
8×60K |
27,770 mRNAs; 10,582 lncRNAs; 2,505 Mid-size ncRNAs |
Human circRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片 (m6A) |
8×60K |
13,617 circular RNAs |
Mouse circRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片 (m6A) |
8×60K |
14,236 circular RNAs |
Rat circRNA 表觀轉(zhuǎn)錄組芯片 (m6A) |
8×60K |
14,145 circular RNAs |
康成生物獨(dú)家提供技術(shù)服務(wù)
康成生物國(guó)內(nèi)獨(dú)家提供Arraystar表觀轉(zhuǎn)錄組芯片全程一站式技術(shù)服務(wù)；目前，國(guó)內(nèi)客戶(hù)使用康成生物技術(shù)服務(wù)發(fā)表的研究文章已突破560篇，其中多篇發(fā)表在國(guó)際頂尖雜志Cancer Cell, Molecular Cell, Hepatology等上。
參考文獻(xiàn)
[1] Gilbert W.V. et al. (2016) Science [PMID: 27313037]
[2] Yang Y. et al. (2017) Cell Res. [PMID: 28281539]
[3] Alarcón C.R. et al. (2015) Cell [PMID: 26321680]
[4] Lewis C.J. et al. (2017) Nat. Rev. Mol. Cell Biol. [PMID: 28144031]
|
|
|
